Pour Claparède, le but de l'éducation n'est pas "dans" la société, mais bien "dans" l'enfant, il vise non pas le développement d'attitudes mais celui d'une forme d'esprit, la « pensée loyale », aptitude essentiellement intellectuelle faite de véracité et de discernement et qui peut introduire à l'exactitude dans les jugements moraux. Une sorte de propédeutique à l'éducation morale. Comme nous l'avons vu, le "vrai" et le "bon" sont inséparables pour Claparède, apprendre à "penser vrai" ne peut donc qu'aider à apprendre à "penser bien". ‘« Car, si l'on pouvait écarter tout ce qui altère la vérité, l'on aurait écarté aussi l'un des principaux obstacles à la solidarité et à l'entente mutuelle des hommes »’ 328.
Comme le montrent bien les conceptions opposées de l'éducation morale, des divisions internes au mouvement sont apparues malgré les tentatives de conciliation de la part des membres fondateurs, malgré les constats réitérés lors de chaque congrès d'une unité qui ne peut pas se trouver dissolue par les divergences d'application des principes de l'Education nouvelle dans les écoles. Car ces divergences-là ne sont que des diversités, des signes de liberté, elles émanent de "l'esprit" même de l'Education nouvelle. La liberté accordée à l'enfant ne peut être refusée à son maître... Cette fois, il s'agit d'oppositions plus profondes, plus graves, parce qu'elles concernent "l'esprit" du mouvement. Oppositions pas toujours déclarées mais qui se manifestent par de nombreux indices dans les textes des deux chartes successives.
« La pensée loyale et son éducation », art. cit., p. 9.