D'un point de vue de la linguistique structurale, les interférences subphonémiques sont moins graves puisqu'elles ne mènent pas directement à la confusion de mots et ne gênent donc pas de façon décisive la communication. Pourtant, la pratique de la communication s'en trouve considérablement diminuée. Par l'articulation inadéquate de certains phonèmes, il devient difficile à l'interlocuteur de reconnaître les sons que le locuteur a l'intention de produire. On ne peut reconnaître immédiatement les mots qui contiennent ces phonèmes et le processus de communication s'en trouvera dans l'ensemble considérablement ralenti, voire diminué, ce qui peut avoir pour conséquence une difficulté d'entrer en communication avec les francophones.
Les meilleurs exemples d'interférence phonétique sont les consonnes dites liquides /r/ et /l/. Ces deux sons sont certes des phonèmes en allemand et en français250, mais leurs réalisations peuvent être très différentes. Le /r/ français n'a pas la même valeur selon sa distribution en début de mot, en intervocalique ou en fin de mot. Le /r/ allemand dispose d'une diphtongaison qui n'est pas sans rappeler celle de l'anglais, voire de l'anglo-américain.
Ainsi, lors de l'apprentissage de ce son en français, on peut être sûr qu'une difficulté va apparaître chez le germanophone en ce qui concerne sa réalisation articulatoire, surtout dans les positions où cette réalisation diverge notablement des habitudes articulatoires de l'apprenant.
Ce n'est pas le cas de toutes les langues : en japonais, cette différentiation phonématique est inconnue puisque ces deux sons sont des variantes subphonémiques n'ayant pas de valeur distinctive de sens.