Ses amis les premiers d'ailleurs, à commencer par Loisy, lui conseillent de ne pas compromettre, par ses prises de position, les chances qu'il a d'être nommé archevêque : "Si j'osais, Monseigneur, écrit Loisy, je vous dirais : Devenez archevêque ; mais ne vous fourrez pas dans ce guêpier (la question biblique)" ⁷¹³ . Quand Loisy fait part au baron von Hügel de ses doutes quant à l'efficacité du mémoire de Mgr Mignot au pape, il ajoute : "Ce n'est pas cela qui aidera ce bon évêque de France à devenir archevêque" ⁷¹⁴ .

De son côté le baron von Hügel forme des vœux pour le "seul évêque biblique de la France - que la Providence le fasse bientôt et archevêque et cardinal !" ⁷¹⁵ Avant même que la nomination à Albi ne soit officielle, il écrit à Mgr Mignot pour le féliciter et lui dire ce qu'il en attend :

Or Mgr Mignot a le sentiment d'être victime d'un certain ostracisme de la part du gouvernement. Il craint en particulier que M. Dumay, le tout puissant Directeur des Cultes, "n'ait quelques préjugés à son endroit et qu'on ne l'ait présenté à lui sous des couleurs assez noires ou tout au moins sous un faux jour". Comment ne pourrait-il pas interpréter ainsi le fait que plusieurs évêques de sa génération ont eu une carrière plus rapide que la sienne ? Mgr Hautin nommé à Evreux en 1890 alors que lui-même espérait y être nommé plutôt qu'à Fréjus, est archevêque depuis longtemps, son successeur aussi ⁷¹⁷ . L'archevêque de Toulouse ⁷¹⁸ a quitté Angers où tout semblait devoir le retenir longtemps. Mgr Renou nommé à Amiens, où Mgr Mignot serait volontiers allé, est depuis archevêque de son diocèse d'origine ⁷¹⁹ .

"‘Je suis loin de blâmer ces choix, conclut-il, je les constate et mes amis du clergé les constatent aussi… Je me demande s'il n'y aurait pas à mon endroit un fâcheux préjugé’" ⁷²⁰ . M. Ardoïn se fera plus tard l'écho de ce soupçon en estimant que si Mgr Mignot "n'a été nommé qu'à Albi, c'est parce qu'on avait l'impression que, très correct, il n'était pas ardent pour le régime" ⁷²¹ . Rien dans son dossier ne permet d'étayer que telle était la raison de la réserve du gouvernement, si réserve il y a eu. Le seul reproche que le gouvernement avait à adresser à Mgr Mignot était l'attitude qu'il avait eue au moment de l'affaire Gouthe-Soulard ⁷²² . L'évêque de Fréjus avait envoyé à son métropolitain une lettre de soutien qui avait été en partie publiée par l'archevêque d'Aix avec l'ensemble des témoignages qu'il avait reçus ⁷²³ . En août 1892, Mgr Mignot crut nécessaire d'envoyer au ministre une copie intégrale de sa lettre avec un mot d'explication :

Il est peu vraisemblable que cette manifestation de solidarité à laquelle seule une quinzaine d'évêques se dérobèrent, ait été interprétée comme le signe évident de la réserve de l'évêque de Fréjus à l'égard du régime. D'autant plus que l'année suivante, comme nous le verrons ⁷²⁷ , il se révéla un ardent défenseur de la politique de ralliement. Il faut bien plutôt chercher la cause de l'attente prolongée de Mgr Mignot du côté ecclésiastique. D'une part, il ne bénéficie pas d'une protection épiscopale influente et déterminante pour les carrières comme l'a montré J.-O. Boudon. Or c'est le cas pour tous les prélats qu'il cite : Mgr Hautin a fait partie du cercle de Mgr Dupanloup ; Mgr Renou et Mgr Sueur étaient proches du cardinal Meignan ⁷²⁸ . N'est-ce pas Mgr Servonnet, évêque de Digne, lui aussi protégé de Dupanloup, qui obtient l'archevêché de Bourges convoité par Mgr Mignot ?

D'autre part, et le gouvernement ne l'ignorait pas, Mgr Mignot était l'objet d'une hostilité non dissimulée de la part de certains membres du clergé, tout particulièrement dans son diocèse d'origine. Dès le moment où il a été question d'un évêché pour l'abbé Mignot, Mgr Thibaudier en avait signalé l'existence et au Directeur des cultes et au Nonce. "Mis à Soissons, avait-il écrit au premier, M. Mignot dont les études ont suivi une direction un peu spéciale, aurait quelques préventions contre lui" ⁷²⁹ . L'évêque de Soissons avait été plus explicite avec le second, expliquant qu'une fâcheuse habitude "d'essayer sur quelques hommes naïfs la force de certaines objections" avait valu à l'abbé Mignot une réputation de rationaliste.

De fait, en 1897, quand la santé déclinante de Mgr Duval laisse prévoir une vacance prochaine du siège de Soissons, l'éventualité de la nomination de Mgr Mignot rencontre l'opposition résolue d'un certain nombre de membres influents du clergé soissonnais. Les hostilités sont ouvertes à la suite de l'article sur "L'évolutionnisme religieux" paru dans le Correspondant d'avril 1897 et de la retentissante sortie de l'Église d'un prêtre du diocèse de Soissons, l'abbé Philippot ⁷³⁰ .

L'affaire a un retentissement national. La presse anticléricale se réjouit "du mouvement qui se manifeste dans le jeune clergé vers un christianisme plus simple et plus évangélique" ⁷³¹ , tandis que la presse de droite dénonce "un dangereux mouvement, dont il ne faut ni exagérer ni méconnaître l'importance mais qui est la suite de cet esprit libéral et réformiste que l'on a vu poindre avec Lamennais […]. Il répond à l'état d'âme d'un plus grand nombre de prêtres épris de réforme et de renouveau et qui appelle de leurs vœux une nouvelle Église, un nouveau christianisme" ⁷³² . Dans une brochure intitulée : "Quelques questions théologiques", le chanoine Magnier dénonce les erreurs du prêtre non sans rappeler que celui-ci justifie, par des citations de Mgr Mignot, les raisons qui lui ont fait perdre la foi et quitter l'Église.

L'attaque est indirecte mais elle ne trompe personne. Mgr Mignot écrit au vicaire général de Soissons pour protester contre la déloyauté du procédé : "J'assistais vendredi à une réunion de prêtres ; voici la note générale : M. Magnier fait semblant de viser l'abbé Philippot, mais en réalité il vise plus haut". Or non seulement l'évêque de Fréjus n'obtient pas de droit de réponse du Journal de l'Aisne où avaient paru les deux articles de l'ex-abbé mais Mgr Duval, "sous prétexte qu'il fallait faire silence", lui refuse le droit de s'expliquer dans la Semaine religieuse où il voulait exposer sa pensée, "rassurer à la fois les amis, les malintentionnés, les ignorants et aussi les âmes simples" ⁷³³ .

Dans le même temps un directeur du grand séminaire laisse diffuser un échange de correspondance dans laquelle il se dit n'être pas surpris de l'attitude de l'évêque, car "étant vicaire général il n'avait que de mauvais livres" et se demande si "le critique ne doit pas être considéré comme le complice" de l'ex-prêtre, tandis que son correspondant laisse entendre que Mgr Mignot ne croyait "ni à la création, ni à la révélation, ni à l'inspiration, ni à la prophétie etc.", et estime qu'il faut déférer les écrits du prélat à l'Index.

Pour Mgr Mignot c'est la preuve qu'on monte contre lui une cabale dans le but de le discréditer dans l'esprit des prêtres du diocèse. Il se plaint au vicaire général de Soissons des agissements de "la bande de sectaires qui commence par le Supérieur du grand séminaire et finit par M. Magnier" montant à tout propos ⁷³⁴ contre lui les esprits de ses anciens confrères du diocèse et le privant ainsi "de l'estime à laquelle (il) a droit comme Évêque et comme compatriote". Et il développe le même type de défense que trois ans auparavant : l'article du Correspondant lui a valu "les adhésions des plus hauts personnages, mêmes des évêques les moins suspects de hardiesses bibliques comme Annecy et Nancy" ; M. Vigouroux qui en a lu le manuscrit "n'y a rien trouvé que d'orthodoxe" ⁷³⁵ . L'abbé Cardon, "désolé de la peine de l'évêque" lui répond en lui demandant de "passer outre et d'être au dessus de cela" ⁷³⁶ . Même conseil de son ancien supérieur de Saint-Sulpice, M. Maréchal à qui Mgr Mignot avait rendu visite durant les vacances :

Il y a donc tout lieu de penser que ce n'est pas tant un doute sur la qualité de la loyauté de Mgr Mignot à son égard qui a conduit le gouvernement à tarder à le proposer pour un siège archiépiscopal que le souci de ne pas donner le sentiment de prendre partie dans des querelles théologiques.

Aussi bien la nomination à l'archevêché d'Albi est-elle accueillie, tant par le nouveau titulaire que par ses amis, avec des sentiments partagés où se mêlent satisfaction d'amour propre et incontestable déception. Elle intervient au terme de longues négociations, à un moment de tension entre le gouvernement de Défense républicaine dirigé par Waldeck-Rousseau et le Saint-Siège en ce qui concerne la nomination des évêques, durant lesquels plusieurs combinaisons ont été tour à tour imaginées entre la mi-juin et la fin novembre 1899 pour sortir de l'impasse. Dans l'une d'elle Mgr Mignot se voyait attribué le siège de Toulouse ou celui de Rouen ⁷³⁸ . Et il a vraiment espéré être titulaire de l'un de ces sièges métropolitains, surtout du second.

Comme durant cette négociation, le bruit court que l'évêque de Fréjus refuserait Albi, Mgr Mignot s'empresse d'écrire à M. Magny pour démentir : "C'est là une pauvre manœuvre de gens à court d'imagination et inventée en vue de servir je ne sais quels intérêts […] Il n'entre en aucune façon dans ma pensée de refuser Albi". Il n'en profite pas moins pour indiquer l'ordre de ses préférences. Il aimerait assurément retourner dans le Nord et il accepterait donc volontiers Rouen. A défaut, le siège de Toulouse lui conviendrait aussi. Songeant peut-être à la présence de l'Institut catholique, il estime qu'il rendrait "là plus de service à l'État et à l'Église ⁷³⁹ .

C'est donc avec une pointe d'amertume qu'il accueille sa nomination à Albi. Elle transperce dans la manière dont il annonce, avec un ton désabusé, la nouvelle à l'abbé Loisy : " Hier j'étais à Paris pour m'entendre dire que je suis maintenu à Albi. Mgr Fuzet ⁷⁴⁰ , tout puissant, non content d'avoir Rouen, a fait donner Toulouse à son ami intime Mgr Germain ⁷⁴¹ qui n'a que deux ans d'épiscopat ! Oui, bien étrange l'attitude de Léon XIII. Sous son impulsion l'Église tend à n'être plus qu'une immense machine politique" ⁷⁴² . Si cette nomination déçoit aussi Loisy, il reste pour une fois optimiste et veut y voir un avantage possible pour l'avenir : "Albi n'est pas ce qu'on aurait pu rêver de mieux pour lui et pour nous, écrit-il au baron von Hügel. Mais cette nomination réserve beaucoup mieux qu'une autre (Toulouse - Rouen) les chances qu'il peut avoir de venir à Paris" ⁷⁴³ .