Plus qu'une réaction à la pression de l'intransigeantisme romain et à la dérive autoritaire du gouvernement de l'Église sous Pie X, c'est dans une ancienne conviction ancrée dans un vieux fonds de sentiments gallicans et dans la lecture de Newman qu'il faut chercher l'origine de la distance prise par Mgr Mignot par rapport à l'ecclésiologie classique qui mettait l'accent sur le caractère de société hiérarchique et parfaite de l'Église et dont Pie X se fera le défenseur le plus absolu pour justifier son refus de la loi de Séparation 1812 .
"Cette Église est par essence une société inégale, c'est-à-dire une société comprenant deux catégories de personnes : les Pasteurs et le troupeau, ceux qui occupent un rang dans les différents degrés de la hiérarchie et la multitude des fidèles. Et ces catégories sont tellement distinctes entre elles que dans le corps pastoral seul résident le droit et l'autorité nécessaire pour promouvoir et diriger tous les membres vers la fin de la société ; quant à la multitude, elle n'a d'autre droit que celui de se laisser conduire et, troupeau docile, de suivre ses Pasteurs", Encyclique Vehementer nos, 11 février 1906.