La théologie est donc l'œuvre des hommes, elle est "un essai intellectuel très puissant pour expliquer les dogmes de façon méthodique, les mettre en lumière à la façon d'une science ordinaire, en tirer les conséquences et les applications pratiques" 2190 . C'est "la science de l'application de la raison à la Religion" 2191 . Dès ses premiers textes, l'abbé Mignot distingue soigneusement le domaine des vérités de foi de celui de la théologie laissée aux recherches individuelles, car il s'agit de "distinguer ce qui est vraiment la doctrine de l'Église de ce qui est simplement un commentaire plus ou moins autorisé" 2192 . Ceci explique qu'il relativise constamment le rôle des théologiens d'autant plus que, "par une fiction inconsciente ils s'identifient volontiers avec "l'Église enseignante", la font parler et confondent volontiers leurs arrêts avec ses décisions" 2193 . Or ils ne sont pas à l'abri d'un "conservatisme aveugle" quand ils ne s'attachent pas "obstinément à des idées vieillies et continuent à répéter de confiance des arguments débiles et démodés" 2194 .
‘Heureusement les théologiens ne sont pas l'Église et leur enseignement, si respectable soit-il, ne fait point partie intégrante, essentielle de la foi catholique. Ils subissent sans le vouloir, sans même s'en douter l'influence du siècle, du milieu où ils vivent et il ne serait pas difficile de signaler plusieurs métamorphoses assez curieuses de leur enseignement. […] Les théologiens exagèrent souvent la doctrine précise de l'Église et leurs anathèmes sont plus terribles que ceux mêmes du Saint-Office 2195 .’"Évolutionnisme religieux", 1897, in L'Église et la critique, p. 79.
Sermon pour la Saint Thomas, Beaurevoir, ADA, 1 D 5 04.
Notes pour le traité de l'Incarnation, février - mars 1876, f° 85, ADA, 1 D 5 04.
3ème lettre sur la question biblique, 1894-1895, f° 7, ADA, 1 D 5 11-01.
Hogan, Les études…, 1903, p. 192. "C'est la même mentalité qui fit condamner Galilée et ses partisans", 1 er Reg., f° 76-77.
7ème lettre sur la question biblique, 1894-1895, f° 1, ADA, 1 D 5 11-01.