Ce second moment de construction de la pensée linguistique infléchit les thématas 389 de la période précédente. Les conjonctions de vues deviennent des modèles explicites : Bopp tente de présenter les changements phonétiques selon les principes de la physique mécanique390, Linné influence Rask391. Se réclamant de Cuvier dont les travaux sont connus en Allemagne, Friedrich von Schlegel, revendiquera les méthodologies de l’anatomie comparée dans le domaine des langues (Ueber die Sprache und Weisheit der Inder (1808))392 et la théorie darwinienne entrera dans le domaine de l’étude des langues avec August Schleicher (Die Darwinische Théorie und die Sprachwissenschaft (1873)). Le comparatisme, méthodologie commune aux sciences du vivant (anatomie, biologie, paléontologie) et à la linguistique, constituera le point de conjonction majeur entre les deux domaines.
L’anatomie comparée ne s’établira en discipline que par l’introduction de la notion de fonction et d’intégration de celles-ci au sein d’une structure. Conquête synchronique pour la connaissance des espèces, elle est également un puissant outil d’éclaircissement diachronique. En effet, la paléontologie animale ne progressera qu’avec l’application des techniques de l’anatomie comPasquiere, et permettra à l’évolutionnisme de faire ainsi une avancée décisive. De même, les systèmes structuraux que sont la flexion, l’agglutination et l’isolation, ne seront plus utilisés dans une seule perspective typologique, et constitueront les bases d’une génétique du langage. Les notions fondamentales de structure et de fonction qui traversent le champ épistémologique (chimie, mathématique, et donc, physique) feront resurgir la conception kantienne d’intégration de la matière par la forme qui aboutira, dans le domaine du langage, à la conception de la langue comme un système formel.
C’est-à-dire les présuppositions, concepts ou principes méthodologiques guidant la recherche (cf. Gérard Holton (1973)).
Par lois mécaniques, j’entends principalement les lois de la pesanteur et en particulier l’influence que le poids des désinences personnelles exerce sur la syllabe précédente (à propos de l’action d’une terminaison sur les sonorités du radical ; Bopp, Grammaire comparée, 1866 : 1 n. ; cité par Foucault, 1966 : 300).
Nous pouvons considérer cette influence comme une phase transitionnelle : en effet, si Linné est avant tout un naturaliste, il acceptera cependant l’idée d’évolutionnisme à la fin de sa vie.
Mais le point décisif qui éclairera tout, c’est la structure interne des langues ou la grammaire comparée, laquelle nous donnera des solutions toutes nouvelles sur la généalogie des langues, de la même manière que l’anatomie comparée a répandu un grand jour sur l’histoire naturelle (Fr. Schlegel, La langue et la philosophie des Indiens, traduction française, Paris, 1837 : 35 ; cité par Foucault, 1966 : 292).