Et si l'on en juge par la biographe de C. de Charbonnel, J. Varin y exerce le rôle de Supérieur général mais il en est bien vite empêché par les tracasseries du Ministère. « Malgré ses fréquentes absences, ( il ) surveillait avec un paternel intérêt la maison du Berceau, relate Mme Dufour, lorsque, au mois de mars 1805, les ombrages politiques l'obligèrent à se retirer dans une sorte de retraite ⁷⁵. Il n'était pas sans inquiétude sur le gouvernement de la Mère Baudemont, placée à la tête de la maison d'Amiens. Douée de talents pour la supériorité, et même de vertus religieuses, elle manquait de cet esprit humble et doux, vrai cachet de la Société du Sacré-Cœur, et l'on sait quelles funestes complications en résultèrent » ⁷⁶ . Le décret romain du 22 juin 1804 avait dissout la Société des Pères de la Foi. En 1806, le gouvernement somme ces "Jésuites déguisés" de quitter le collège de Saint-Acheul et de regagner leur diocèse d'origine. Seul, Sambucy est incardiné au diocèse d'Amiens  ⁷⁷ . Auprès des Dames de l'Instruction chrétienne, il ne se contente pas d'exercer les fonctions d'aumônier et de conseiller pédagogique que lui avaient confiées J. Varin, il s'arroge aussi la direction de l'établissement. La conjoncture politique lui étant favorable, il profite de l'éloignement forcé du Supérieur général dans sa résidence familiale ⁷⁸ pour le supplanter.

C'est ainsi que, dès 1806, sous l'influence conjuguée de Mme Baudement et de l'Abbé Sambucy de St-Estève, une dissension s'installe entre les membres de l'Institut. L'objet du litige est double : il porte sur la structure ignatienne du gouvernement et sur la spiritualité ordonnatrice de l'action éducative. Il atteint donc l'identité et le service de l'Institut. La stratégie de Sambucy est menée sur les deux fronts : le gouvernement de la Maison d'Amiens et l’identité pédagogique. Les premiers symptômes ne tardent pas à se manifester. Lors du premier Conseil général réuni à Amiens le 18 janvier 1806, Sophie Barat est confirmée Supérieure générale à vie à une seule voix de plus que Mme Baudemont. Quelques mois plus tard, cette détermination de supplanter la Supérieure générale réapparaît dans la procédure de demande d'approbation légale de la maison d'Amiens.

Cette démarche légale vise la stabilité du nouvel Institut. Elle s'inscrit dans une conjoncture globale. De 1800 à 1803, des congrégations hospitalières et quelques congrégations enseignantes ont obtenu une autorisation gouvernementale  ⁷⁹ . D'après C. Langlois, « une deuxième phase de la politique d'autorisation s'ouvre avec le décret, pourtant lourd de menaces, de messidor an XII (22 juin 1804). Ce décret de circonstance vise essentiellement les Pères de la Foi et autres jésuites déguisés que la police voit partout. L'interdiction cependant est étendue à toute association d'hommes et de femmes désireuse de se constituer, sauf autorisation par un décret impérial. Les contrevenants sont passibles des tribunaux. Mais l'article 5 confirme, en revanche, toutes les précédentes autorisations accordées une à une aux congrégations féminines, à charge néanmoins pour chacune d'elles de présenter "dans un délai de six mois (...) leurs statuts et règlements pour être vus et vérifiés en Conseil d'Etat » ⁸⁰ .

La Maison de Grenoble obtient cette autorisation, comme institution particulière, en 1805. La démarche de la Maison d'Amiens, un an plus tard, a valeur pour les différentes maisons de l'association. Toutefois elle n'est pas faite au nom de Mme Barat mais à celui de Mme Baudemont, Supérieure de la Maison d'Amiens. L'omission ne peut être interprétée comme une mesure de prudence vis-à-vis du gouvernement car les articles I et II des statuts officiels stipulent clairement la nouveauté de la forme juridique de la congrégation, à gouvernement centralisé.

D'après C. Langlois, en ce début de XIXe siècle, « le monde congréganiste reste hanté par le modèle conventuel, par la perfection dans l'engagement religieux qu'il représente et par le prestige social qu'il conserve » ⁸² . Or, en ce qui concerne le nouvel Institut, cette représentation subit une transformation selon la volonté des fondateurs. Le même idéal religieux s'accompagne d'une forme organisationnelle ignatienne, à Supérieure générale, au gouvernement centralisé.

Le décret d'approbation provisoire de la Secrétairerie d'Etat prend acte de cette nouvelle forme de vie religieuse. Il stipule l'interdiction suivante :

Le décret est signé le 10 mars 1807. Pour J. de Charry, en tant que « monarque héritier du siècle des "lumières", Napoléon ne pouvait qu'apprécier un Institut qui ne se présentait pas comme une résurgence des monastères de l'Ancien Régime, qui n'en portait pas le costume, et qui promouvait une éducation moderne : celle "d'une religion aimable, ornée de toutes les connaissances qui peuvent faire le bonheur et la félicité des familles". De là l'insistance sur ces thèmes, qui devaient plaire en haut lieu »  ⁸⁴ . Et l’historienne d’ajouter : "De fait, Napoléon accueillit favorablement la requête qui l'atteignit aux environs de Berlin, quelques semaines après la bataille d'Eylau. C'est en pleine campagne militaire, au camp d'Osterode, qu'il signa le décret d'autorisation, appuyé sur un tambour, ajoute une légende qui a des chances d'être vraie » ⁸⁵ .

Si l'existence d'une Supérieure générale est mentionnée dans les statuts officiels de la Maison d'Amiens, aucune référence explicite n'est faite à Sophie Barat. Seule, Anne Baudemont est mentionnée. Mgr Jauffret, Vicaire général de la grande aumônerie, aumônier de l'Empereur, récemment nommé à l'évêché de Metz, est-il conscient du stratagème de Sambucy de Saint-Estève ? En août 1806, en réponse à une lettre de la supérieure locale et de son assistante, il adresse ses encouragements conjointement à «  M mes Baudemont et de Charbonnel, Sœurs de l'Institution chrétienne à Amiens » ⁸⁶ . L'appellation de Supérieure, source d'équivoque, n'est pas utilisée dans le libellé. Mais, par ailleurs, J. Varin est en relation suivie avec Mme Barat, au sujet des démarches entreprises. Il lui apprend, aux premiers jours de mars 1807, que Mgr Jauffret a remis la demande d'approbation et les statuts de l'asssociation à l'Empereur ⁸⁷ , par l’intermédiaire de Portalis, Ministre des cultes  ⁸⁸ . En avril, la supérieure générale vient séjourner à Paris. Elle y reçoit l'avis d'autorisation légale  ⁸⁹ .

En mai 1807, le ministre Portalis envoie le décret au préfet de la Somme, Quinette, et à l'évêque d'Amiens, Mgr Demandolx. Ce dernier le communique à Mme Baudemont le 24 mai 1807, qui, immédiatement, diffuse largement la nouvelle aux notables de la ville, aux ecclésiastiques, aux maisons religieuses et aux différents protecteurs, y compris à la mère de l'Empereur ⁹⁰ . En retour, les lettres de félicitations sont adressées soit à l'Abbé St-Estève, soit à la directrice ou à la Supérieure de la maison d'Amiens. Mais aucune lettre adressée à la Maison d'Amiens ne fait mention de Mme Barat.

Une confusion s'installe. Aux yeux de certains parents d'élèves et des autorités civiles, le rôle que Mme Baudemont s'octroie correspond à celui de Supérieure générale. « Aussi lors de l'enquête de 1808 sur les établissements scolaires tenus par les Congrégations féminines, le préfet de la Somme affirme-t-il dans son rapport sur les Sœurs de l'Instruction chrétienne :
"Madame Baudemont, chef de cette maison, l'est aussi de tous les membres de cette association » ⁹¹ . Ce qui n'a rien d'étonnant si l'on se réfère aux renseignements que la supérieure locale lui a envoyés, en réponse à sa demande. Les propos qu'elle y tient n'ont fait qu'accuser l'équivoque. Les voici : « Les succès apparens qu'on aura crû entrevoir dans notre manière d'enseigner nous a fait demander dans les diocèses de Lyon, Grenoble, Poitiers, etc... Nous avons cédé aux instances qui nous ont été faites et nous avons envoyé successivement des colonies dans les villes de Belley, Grenoble et Poitiers, où nous avons autant de maisons florissantes, dans la juridiction des évêques qui nous protègent. Le gouvernement, instruit par les évêques respectifs, de la régularité de nos maisons, et du but que nous nous proposions, a paru désirer nous voir réunies sous la sauvegarde des lois »  ⁹² . Mme Baudemont se garde bien de signifier la dépendance légitime vis-à-vis de la supérieure générale.

Ces indicateurs d'usurpation du pouvoir congrégationnel dénotent un infléchissement vers l'ancien modèle conventuel à communauté autonome. La volonté de Sambucy de St- Estève de s'arroger le titre de fondateur ou de Supérieur général s'exprime aussi dans la substitution d'un modèle pédagogique à un autre. Deux faits le manifestent. Le premier est la rédaction d'un nouveau plan d'études intitulé "Plan d'éducation de 1806", accompagné du règlement du pensionnat. Le deuxième fait est une variation qui se signale entre le manuscrit intitulé "Rédaction d'Amiens" et la rédaction définitive des statuts envoyés à l'Empereur, concernant le type d'instruction donné au pensionnat. En voici la représentation :

Seule la "Rédaction d'Amiens" apporte une référence exclusive à Fénelon  ⁹³ . Les statuts officiels ne spécifient pas l'héritage pédagogique.

L'obtention de cette approbation légale a procuré un certain "panache" aux directeurs de la Maison d'Amiens. Cette réputation concourt au développement de l'établissement, comme en témoignent les renseignements demandés par la mairie d'Amiens. A la date du 5 octobre 1807, le nombre de pensionnaires atteint soixante-dix ; celui des écolières, cent cinquante environ. La communauté est alors composée de vingt  Dames professes et de treize Dames novices. Encouragée par Sambucy de St-Estève, Anne Baudemont y admet d'anciennes religieuses, chassées de leurs couvents quinze ans auparavant. Et comme les premières compagnes de Sophie Barat ont été envoyées par J. Varin aux Maisons de Grenoble, Poitiers, Cuignières et Gand (Doorseele), le modèle référentiel de la Maison d'Amiens, considérée comme Maison Mère, est celui des anciens couvents à juridiction autonome. Quant à J. Varin, il n'est pas conscient de l'acuité et de l'importance des difficultés auxquelles Sophie Barat est affrontée. Il laisse agir à sa guise l'Abbé de Saint-Estève qui s'empresse de rédiger le texte des Constitutions du nouvel Institut, sur le modèle de celles des Ursulines et des Visitandines.

Dans de telles conditions, la crise d'identité ne peut que s'amplifier. Et lorsqu'en 1814 le rétablissement de la Compagnie de Jésus a lieu, elle est même aiguë. Les communautés de Gand, de Grenoble, de Poitiers et de Niort ont refusé, en 1811, les Constitutions rédigées par l'Abbé de Saint-Estève car elles n'y reconnaissent pas l'inspiration première. En 1812, la Maison de Gand, dirigée par Mme de Pénaranda, décide même de se séparer de celles de France. Et lorsqu'en 1814, J.Varin revient à la Maison d'Amiens, l'esprit de division y règne. La majorité des membres, sous l'influence de Sambucy de Saint-Estève et d'Anne Baudemont, affichent ouvertement leur opposition vis-à-vis de la supérieure générale.

Les points de divergence concernent la forme juridique de l'Institut, la spiritualité et la visée éducative à laquelle est lié un haut niveau d'instruction. L'originalité de la pensée de Sophie Barat se révèle donc dans cette crise d'identité. Briguant le titre de fondateur de la Société des Dames de l'Instruction chrétienne, Sambucy de Saint-Estève élabore de nouveaux textes normatifs. Avec le plan d'éducation de 1806, l'intrigant essaie de supprimer purement et simplement le modèle éducatif institué par S. Barat et ses premières compagnes, avec l'aide de J-N. Loriquet ⁹⁴ . Il est d'ailleurs significatif que la première transformation opérée ait porté sur la conception éducative.

C'est dans ce contexte, au plus fort de la crise, que J. Varin revient à Amiens. Ayant découvert les ambitions de l'Abbé Sambucy de Saint-Estève, il veut aider les éducatrices à retrouver une claire vision de leur identité. A cet effet, fin mai et début juin 1814, il donne plusieurs conférences à l'ensemble de la communauté.