Premiers organismes sanitaires de consultation imposées par le pouvoir central à tout le territoire, les conseils d'hygiène souffrent, dans les premières décennies de la République, d'une mauvaise réputation. Dressant, en 1884, le bilan de leur fonctionnement, A.J. Martin conclut : " Dans la plupart des départements, les conseils d'hygiène n'exercent et ne peuvent exercer convenablement la plus grande partie des attributions qui leur ont été conférées par le décret du 18 décembre 1848 ; ils ne tiennent pas régulièrement le nombre de séances réglementaires ; ils n'usent que rarement de leur initiative ; ils ignorent souvent les suites données aux affaires qu'ils ont été appelés à traiter ; le budget qui leur est affecté ne leur permet pas de publier convenablement leurs travaux et de réunir les éléments d'information et de recherches qui leur seraient nécessaires " 807 . La critique porte pourtant moins sur la nature de l'institution et son utilité que sur les conditions de son fonctionnement et l'usage qui en est fait par les autorités publiques 808 . C'est que les conseils d'hygiène possèdent des atouts non négligeables et en particulier la capacité d'expertise de leurs membres. Aussi n'est-il nullement question de les supprimer mais plutôt de les réformer pour leur donner davantage d'efficacité. La loi de 1902 modifie ainsi l'organisation des conseils d'hygiène et renforce leurs attributions.
André-Justin MARTIN, " Projet de réorganisation des conseils et des commissions d'hygiène publique...", op. cit.,p. 93. On trouve également une critique du fonctionnement des conseils d'hygiène appuyées sur des exemples précis dans Docteur ARMAINGAUD, op. cit., pp. 1034-1038.
Ce point est expressément souligné par le rapporteur de la commission de la Chambre des députés. Jean-Baptiste LANGLET, op. cit., pp. 2185-2186.