Plusieurs types de considérations ont limité l'usage de l'EAO et contribué à sa diversification et à son renouvellement.

• Le modèle pédagogique de l'EAO est centré autour du maître. En fait les dispositifs de l'EAO sont calqués sur un modèle classe : un maître enseigne des notions à des élèves ou leur pose un exercice ; puis il détermine leur prochaine activité. Il existe d'autres pratiques pédagogiques, plus centrées sur l'apprenant comme l'approche constructiviste ou l’approche communicative en didactique des langues (voir ci-dessus).
• La forme stéréotypée de l'interaction pédagogique EAO la prédispose inégalement aux différents domaines de connaissance. Ainsi l'EAO pourra être adapté à l'acquisition de connaissances factuelles (règles grammaticales) et de connaissances procédurales simples. Par contre l'EAO est inadapté à des procédures complexes ou à une documentation importante. Les méthodes de l'EAO ne permettent plus alors de rendre compte des processus cognitifs mis en œuvre et il faut avoir recours à d'autres approches.
• La frontière entre l'EAO traditionnel et d'autres approches n'est pas toujours nette. Ainsi certaines analyses de réponses prennent en compte plusieurs solutions et de ce fait rejoignent les approches faisant appel à l'IA. A contrario, la forme souvent très rudimentaire de l'analyse de réponse de maints langages auteurs n'autorise que des vérifications de connaissances assez sommaires.

Nous retrouvons toutes ces limites dans les didacticiels d'enseignement des langues, dont les auteurs conçoivent généralement des activités d’enseignement très conventionnelles autour d’exercices structuraux de grammaire sans contexte. Les interactions apprenant-système sont très limitées et visent surtout à sanctionner les connaissances de l’apprenant. Les didacticiels construits sont donc surtout des environnements de test des connaissances de l’apprenant, et sont abusivement qualifiés de support d’apprentissage (Chanier, 92).