Les premiers niveaux atteints par la fouille apparaissent à moins de 50 centimètres de la surface du sol. Les occupations les plus récentes ont donc complètement disparu ou bien ont été très abîmées par l’activité récente des labours et des bulldozers autour du tell. De même, le flanc aval du tell a probablement été érodé au cours du temps. Le creusement de tranchées autour du site en 1998 à l’aide d’une pelle mécanique a eu pour objectif d’évaluer l’étendue de différents niveaux archéologiques mais n’a pas permis de déterminer clairement si le petit oued séparant les deux buttes existait avant l’implantation des Néolithiques. Toutefois, bien qu’un raccord stratigraphique direct ne puisse être désormais établi entre ce que l’on a désigné comme l’Eminence Est et l’Eminence Ouest, les vestiges indiquent une correspondance partielle mais évidente entre les deux séquences.
Malgré le contexte de sauvetage, la plupart des sédiments ont été tamisés à sec à l’aide d’une double maille de 10 x 10 mm et de 1 x 2 mm. Pour certains secteurs, la technique de flottation a été systématiquement appliquée afin de récolter les restes botaniques, la microfaune et divers objets de très petite taille.
Les fouilles successives menées en extension par l’équipe franco-syrienne (près de 1 200 m²) ont mis au jour au moins 10 niveaux construits sur l’Eminence Est et 7 niveaux sur l’Eminence Ouest (Stordeur et Abbès 2002). L’évolution la plus spectaculaire de la base au sommet du tell se manifeste à travers les plans architecturaux (cf. infra). La stratigraphie générale en propose un aperçu à partir des niveaux les plus profonds :
Eminence Est (près de 4 mètres de puissance) :
Le niveau III/E a été intégralement incendié. Dans le niveau II/E apparaît pour la première fois un type de maison à deux pièces, prolongée sur l’un des côtés par des antes et une cour avec auvent. Par rapport aux précédents, le niveau I/E connaît une extension vers le sud de la butte. Il comprend une grande diversité de plans architecturaux (une dizaine de maisons au moins) et notamment le premier bâtiment communautaire attesté (EA7), bâti en grande partie dans une fosse circulaire et subdivisée selon une géométrie radiale.
Eminence Ouest (près de 6,5 mètres de puissance) :
L’examen du matériel a permis de montrer que les niveaux VII/E à 0/E et les niveaux VI/W à II/W appartenaient tous à la culture mureybétienne telle que l’a définie J. Cauvin à partir de l’étude du site éponyme (Cauvin, 1977, 1997). La première implantation a été construite sur l’Eminence Est. Du point de vue des correspondances, l’autre butte n’a été vraisemblablement occupée qu’à partir du niveau II ou I/E, juste avant l’apparition des premières structures rectangulaires. A partir de là, il n’a pas été possible de déterminer si les deux éminences étaient occupées dans le même temps et/ou de manière alternative. Pour les niveaux récents (-I/E, -II/E, I/W et 0/W), le contexte général est rattaché à l’horizon PPNA d’un point de vue général. Cependant, à la lumière de certains éléments annonçant déjà des caractéristiques propres au PPNB, en particulier dans le domaine architectural et technologique (infra), ces dernières occupations ont été récemment considérées comme les témoins d’une « phase de transition PPNA-PPNB » dont l’existence avait été jusque-là simplement supposée (Stordeur et Abbès, 2002).
Cette numérotation négative est due à l’historique de la fouille : jusqu’en 1998, le niveau I/E était considéré comme le plus récent.