La Ngoubagara draine un bassin-versant de 11,88 km2 que nous avons morcelé en trois sous-bassins dans les études hydrologiques (Figure 53 : p. 153) : Ngoubagara à l’Amitié (3,9 km2), Ngoubagara à Miskine (6,8 km2), Ngoubagara à Sica III (11,7 km2), et une Portion aval (0,18 km2). Elle prend source au Nord de Boy-Rabé à la cote 600 (pk 0) et reçoit un premier affluent après un kilomètre de parcours selon une direction E-O (cote 440), puis un autre au pk 1,5 (cote 425), et le troisième à 3 km de long (cote 400) depuis la source (Figure 79 b). A 300 m en aval de cette confluence (pk 3,3 ; cote 398), le cours de la Ngoubagara présente une digitation (chenaux doubles), à caractère anastomosé 40 : le tronçon de droite est long de 300 m et celui de gauche, de 200 m ; de là à 1 km en aval, passant par l’embranchement principal de la rive droite, la rivière est grossie par un principal affluent, la Ngou-Nguélé, en provenance de l'ouest du Marché de Boy-Rabé sur la rive gauche (pk 4,3 ; cote 380). A la cote 378, se trouve le pont de l’hôpital de l’Amitié qui correspond au premier sous-bassin de la Ngoubagara (3,9 km2 : pk 4,55). Juste en aval, dans le bas-fond, un ruisseau, long de 100 m, rejoint la rivière en rive droite. Entre le pont de l’Amitié et le pont sur l’Avenue des Martyrs (pk 6,55 ; cote 365), non loin du Commissariat du 8e Arrondissement, le chenal est sinueux à subrectiligne, et quelquefois encastré dans d’épais bancs cuirassés qui sont affectés par la foliation, en se débitant en bancs subhorizontaux. Le lit est sableux, à fond mobile sur les trois-quarts du tronçon, et cuirassé à 80 m en amont et 100 m en aval du pont. Jusqu’au pont du Marché de Miskine où se cale le deuxième sous-bassin (6,8 km2 : cote 361, pk 7,55), le lit est essentiellement cuirassé, avec des sinuosités de type méandres ancrés ; et de ce point au pont de Sica III (bassin-versant : 11,7 km2, cote 354, pk 9,55), le chenal est aménagé et rectiligne, et passe par le pont de l’Avenue B. BOGANDA (cote 348, pk 10,55). Cette morphologie artificielle se poursuit jusqu’au confluent avec la Kokoro-Ngongonon (cote 344, pk 11,5), de même qu’à la confluence avec l’Oubangui (cote 341, pk 13).
La longueur totale de la Ngoubagara varie de 11,5 km à la confluence de son cours avec la Kokoro-Ngongonon, à 13 km au confluent de l’Oubangui. La dénivelée dans le bassin-versant varie de 271 à 276 m de hauteur, pour une pente moyenne respective de 20,8 et 21,2 m.km-1.
Contrairement à la Nguitto, la Ngoubagara présente un profil longitudinal, caractérisé par une terrasse qui relaie les versants abrupts des collines et le piémont proprement dit avant d’arriver dans la zone plane où les pentes sont faibles.
Ces chenaux anastomosés n’ont rien à voir avec ceux de la rivière Aoûk in BOULVERT, 1996 – Fig. 49, p. 157.