Il semble exister un certain accord pour considérer les organisations et les institutions comme les principales composantes du système d'innovation (SI). Toutefois, la spécification de ces composantes diverge selon le système. Les premiers travaux relatifs aux SI envisageaient les institutions comme des structures et des activités cognitives, normatives et régulatrices. Ainsi, alors que le "nouvel" institutionnalisme tend à se centrer sur les domaines cognitifs, le"vieil" institutionnalisme, à son tour, tend à influencer les aspects normatifs et régulateurs. Une autre caractéristique du "nouvel" institutionnalisme s’inscrit dans la tendance à effectuer la division conceptuelle entre "institutions" et "organisations". Les approches des systèmes d'innovation (SI) peuvent être analysées en termes d'utilisation du concept institutions . L'approche des SNI est très concentrée sur le règlement comme moyen de comprendre les institutions. La définition des institutions beaucoup citée est celle qui a été formulée par Johnson (1992), (voir aussi Johnson 1998 et Edquist et Johnson 1997) : "Les institutions sont des ensembles d'habitudes, routines, règles entre les agents, qui modèlent l'interaction humaine. En réduisant l'incertitude, et par conséquent la quantité d'information nécessaire pour l'action individuelle et collective, les institutions sont les principaux éléments blocs constructeurs dans toutes les sociétés ». Les organisations sont des structures crées consciemment avec un objectif explicite. 3
Certaines organisations importantes au sein du SNI sont des entreprises (qui peuvent être des fournisseurs, clients ou concurrents relativement aux autres compagnies), des universités, des organisations de capital de risque et des agences publiques de soutien à l’innovation publiques. Les institutions sont des ensembles d'habitudes communes, routines, pratiques établies, ou lois qui règlent les liaisons et interactions entre les individus, groupes et organisations (Edquist et Johnson, 1997). Ce sont les règles du jeu. Comme exemples d'institutions importantes dans les SNI, ils indiquent les lois sur les brevets et règles qui influencent les relations entre les universités et les entreprises.
L'approche des systèmes technologiques envisage les institutions comme une combinaison de structures et d’actions normatives et régulatrices. Carlsson & Stankiewiz (1995) définissent les institutions comme des "structures normatives qui promeuvent des modèles stables d'interactions/transactions indispensables pour la réalisation de fonctions vitales de la société". L'infrastructure institutionnelle du système technologique désigne un ensemble d'arrangements institutionnels (aussi bien en termes de régime que d'organisations). Cette approche diffère des deux autres que nous sommes en train de traiter, étant donné que le concept d'institutions recouvre aussi bien les visibles que les abstraites.
En dernier lieu, l'approche des systèmes sociaux de production et d'innovation définit un système comme un ensemble d'institutions, routines et structures qui gouvernent le processus d'innovation et la diffusion de changement technique dans un contexte caractérisé par des externalités et les effets d'apprentissage. (Amable et al, 1997). Ici, il y a une claire séparation entre les "institutions " et les "organisations", les dernières sont définies comme "des structures de pouvoir et une collection de routines pour dépasser les échecs de la coordination entre les agents ou le comportement opportuniste" (Boyer, 1996, cité in Amable et al 1997).
Ainsi, ces trois approches des SI tendent à être institutionnalistes, "vieilles" dans la mesure où elles ne se centrent pas sur les aspects cognitifs. Il convient d’évoquer les relations entre les principaux concepts du SI. Etant donné que les SI envisagent l'innovation comme le résultat des processus d'apprentissage systémiques interactifs, les interactions entre les différentes organisations sont fondamentales dans ces processus d'apprentissage. Ces relations peuvent être marchandes, ou être hors du marché. En effet, les marchés coordonnent les transactions. Ils ne fonctionnent pas facilement pour l’échange de connaissances. Or, les processus d'apprentissage qui sont interactifs entre les organisations se réfèrent aux échanges et à la collaboration en termes de connaissance, lesquels ne sont pas facilement réalisés par les transactions de marché. Les relations entre les organisations et les institutions sont importantes pour les innovations et pour le fonctionnement des SI. Les organisations sont fortement influencées et modelées par les institutions. Les organisations sont insérées dans un environnement institutionnel ou ensemble de règles, qui incluent le système légal, les normes, les modèles, etc. Mais, à leur tour, les institutions sont aussi implantées dans les organisations. A ce sujet, nous pouvons indiquer les pratiques spécifiques des entreprises en ce qui concerne les relations entre dirigeants et salariés. Une autre forme de connaissance entre les organisations et les institutions se réfère aux cas de quelques organisations qui créent directement des institutions. Nous avons, par exemple, les organisations qui créent des modèles et les organisations publiques qui formulent et exécutent des règles, qu'on appelle politiques d'innovation. (Edquist, Johnson 1997). Les institutions peuvent être aussi un moyen pour la création d'organisations ; c'est le cas, par exemple, quand un gouvernement élabore une loi qui conduit à l'établissement d'une organisation. Il peut également exister des interactions importantes entre les différentes institutions, comme par exemple, entre les lois sur les brevets et les règles informelles relatives aux échanges d'information entre entreprises.
En somme, les relations entre les organisations et les institutions sont très complexes et se caractérisent, généralement, par la réciprocité. La concentration, dans ce type de relations, sur les composantes, constitue le principal avantage du choix des SI.
Bien qu’il existe d’autre types d’acteurs, outre les organisations, par exemple les individus.