Les relations administratives entre les missionnaires et les autres partenaires ne débutèrent réellement au Gabon qu'après la Première Guerre Mondiale. Ce retard avait été occasionné par l'application effective de la Loi de 1905, la transformation du Gabon en colonie de l'AEF 254 mais aussi et surtout par les événements de la Guerre.
Avant la Première Guerre Mondiale, les relations, entre missionnaires et l'administration coloniale, furent souvent tendues. Profitant de la montée en puissance de l'anticléricalisme en métropole, l'administration coloniale était de plus en plus exigeante vis-à-vis des missionnaires et des populations indigènes. Cet état des choses obligeait les missionnaires à intervenir pour défendre leurs intérêts ou ceux des indigènes. En cas de nouvelles lois, dispositions ou organisations, l'administration coloniale prenait le soin d'informer les missionnaires qui, par la suite réagissaient ou pas.
En 1910, est crée l'Afrique Equatoriale Française: AEF, sur le modèle de L'Afrique Occidentale Française fondée en 1906. L' AEF regroupe les colonies du Cameroun, du Moyen-Congo, de l'Oubangui-Chari, du Tchad et du Gabon. Aussitôt après sa création éclata la Guerre. L'organisation administrative n'eut pas le temps de s'affirmer dans ces colonies.