● Omniprésence de l’administration coloniale

Pendant cette période, de 1905 à 1945 contrairement à une idée souvent répandue sur la domination morale des missionnaires, le colonat administratif était " tout.". Il est resté le maître de la conduite de l'œuvre civilisatrice au Gabon. Tous les autres partenaires dépendaient de l'administration. Sil’intention du colonat privé était bien de supplanter l'administration, ce n'était pas le cas des missionnaires qui voulaient juste affirmer leur rôle religieux, moral et social.

A l’origine, les rapports entre la Marine et les missionnaires avaient été plutôt cordiaux. De plus ce sont les marins qui ont favorisé l’arrivée et l’installation des missionnaires. Auprès le départ de la Marine, à la fin du XIXè en 1895, les missionnaires crurent à la continuité du même type de relations mais c'était sans compter sur le colonat administratif et sur le colonat privé qui avait un tout autre état d'esprit.

Le rôle de la Marine avait été d'occuper le terrain ; celui de l'administration et des entrepreneurs fut de le mettre en valeur. Si la Marine avaient signé un contrat avec les missionnaires, au contraire l'administration profita de la Loi de 1905 pour essayer de faire cavalier seul. Après 1905, les partisans de la République anticléricale s’emplyèrent à réduire la place des missionnaires qui étaient tentés de gêner leur action de mise en valeur du territoire. Ainsi, dès 1907, des décisions sont prises par l'administration coloniale du Gabon pour marquer sa présence et montrer aux missionnaires ce qui les attendait.

En 1907, il y eut la formation d'un « Comité d'Action Républicaine et Anticléricale » à Libreville dont le chef étai Lanzeau de Puplermeau. Le 7 juillet de la même année, fut votée la suppression des allocations en faveurs des missions et deux ans plus tard en 1909 la suppression du traitement du Curé de Libreville. Le 11 janvier 1910, les missionnaires du Gabon furent avertis de la reprise par le gouvernement des locaux affectés pour le curé et l'école Saint-Pierre. Cette politique anticléricale s'intensifia en juin 1912 par la défense faite aux missionnaires d'aller à l'hôpital si on ne les appelait pas. Enfin, le 31 août 1912, une décision fut prise d’exiger les impôts des missionnaires ²⁷¹ .

Après la Guerre, les relations se détendirent à cause de la bonne volonté des deux parties, mais davantage celle de la jeune administration coloniale qui édicta un certain nombre de lois permettant de régler plusieurs situations.

Les missionnaires redevinrent, non pas des partenaires uniques de l'administration, puisqu'il y avait aussi le colonat privé, mais les principaux collaborateurs dans la politique d'émancipation sociale des indigènes.