De 1945 et 1969, l'Eglise catholique est à un tournant de son histoire au Gabon. Cette période est marquée par une mutation de l'Eglise missionnaire installée depuis 1844. A partir de 1945, la Mission du Gabon fait de plus en plus face aux changements de la société gabonaise traditionnelle, aux transformations de la société coloniale, dans des domaines aussi divers que l'enseignement, la famille, les croyances et l'engagement politique.
Sur un plan purement interne, la Mission du Gabon doit répondre à la nécessité d'établir une véritable Eglise dirigée par des Gabonais 275 . Ces exigences sont la conséquence d’une double action, celle des autochtones et surtout celle des missionnaires eux-mêmes.
L'année 1969, constitue une césure indéniable de l'histoire de l'Eglise catholique au Gabon entre 1945 et 1995. Cette année confirme dans les faits la fin juridique de la Mission proclamée dix années auparavant en 1958.
En 1969, lorsque Mgr Jean Jérôme Adam 276 , le dernier Vicaire apostolique du Gabon et premier Archevêque de Libreville (1947à 1958), cèda la place à Mgr André Fernand Anguilé 277 , le processus de nationalisation de l'Eglise missionnaire est déjà bien entamé. Il y a eu, entre autres, la création des premiers diocèses, l'ordination épiscopale des premiers Gabonais, des mutations significatives dans la formation et les tâches du clergé indigène, la fondation des premières paroisses, la promotion des laïcs, mais aussi la " fin du monopole " de l'enseignement missionnaire au Gabon au profit de l’enseignement officiel.
A ce propos, Claude Prudhomme dans un article, « Crise ou mutation de la Mission ?vingt ans de débat à travers la Revue Spiritus 1959-1979 », s’interroge, comment une congrégation missionnaire, celle du Saint Esprit, qui a évangélisé par exemple Gabon, spécialisée dans la Mission ad extraa-t-elle vécu les transformations dans la conception de la Mission à partir des années 1950. Cet article nous permet de comprendre la mutation que connaît la Mission du Gabon.
Mgr Jean Jérôme Adam était un Alsacien comme son homonyme Jean Martin qui avait été Vicaire Apostolique du Gabon cinquante ans auparavant. Il avait pris la tête du Vicariat de Libreville en 1947 à l'age de 43 ans. Sa nomination avait coïncidé avec l'amorce des transformations dans tous les domaines au Gabon. Une autre époque commençait: c'était la ruée vers les écoles; les idées d'indépendances. Mgr Adam devait donc conjuguer avec les impératifs de l'heure. C'est ce qu'il fit durant son épiscopat jusqu'à sa retraite en 1969. Il a été tour à tour: Vicaire Apostolique de Libreville, Evêque du Diocèse du Gabon et enfin Archevêque de Libreville.
Mgr Anguilé est premier archevêque gabonais de Libreville. Sa nomination à ce poste constitue pour l'histoire de l'Eglise catholique un tournant décisif de la fin de la Mission au Gabon.