Les conséquences du coup d’Etat de 1964 sont multiples. Cet événement bouleversa le pays. Toutes les classes et les tranches d’age réagirent, surtout les jeunes. L’Eglise qui n’avait presque rien dit, depuis 1960, fut aussi impliquée à plusieurs niveaux.
La première conséquence du coup d'Etat militaire de 1964 au Gabon avait été la formation d'un gouvernement provisoire pour assurer la continuité des affaires de l'Etat. Aux premières heures du putsch, les militaires associèrent les civils pour former un gouvernement provisoire. Ils s'adressèrent à Jean Hilaire Aubame pour occuper la fonction de premier ministre. La composition de ce gouvernement provisoire fut rendue publique dans l'après midi du 18 février 1964. La tâche première et essentielle de ce gouvernement provisoire fut d'empêcher l'intervention militaire française. Malgré les demandes formulées, à plusieurs reprises, par Jean Hilaire Aubame, auprès de l’ambassadeur de France Paul Cousseran, 774 l'armée française intervint afin de « rétablir la légalité, conformément aux accords de défense » et de « remplir les engagements de la France à l’égard du Gabon » 775 .
Le gouvernement provisoire était composé de 11 membres y compris le premier ministre. Sa composition s'était faite sur la base des adversaires politiques de Léon Mba. Il y avait: Jean Hilaire Aubame, Paul Gondjout, Germain Mba, Jean Marc Ekoh, Jacques Libizangomo, Philipe Maury, Emmanuel Mbene, Emile Kassa Mapési, Boucka Bou Nziengui, Eugène Amogho, Eloi Chambrier.
L’action de ce « gouvernement provisoire », éphémère, reposa sur celle de son premier ministre qui chercha vainement à empêcher l’intervention française. Il fut dissout après le retour au pouvoir de Léon Mba et ses membres placés en résidence surveillée à leur domicile.
L'intervention française permit donc de rétablir Léon Mba au pouvoir. A son retour à Libreville, Léon Mba prononça, le matin du 20 février, un discours violent à l'endroit de ceux qui avait voulu l'enlever du pouvoir et il annonça le maintien des élections pour le 23 février. Ce discours raviva la tension au sein de la population.
Après plusieurs tractations avec les autorités religieuses et diplomatiques, surtout l'ambassadeur de France au Gabon, Paul Cousseran, Léon Mba revint sur sa décision. Il repoussa d'abord les élections au 1er mars 1964. Dans un nouveau discours prononcé le 23 février il annonça la formation d'un nouveau gouvernement restreint. Finalement le 25 Février, jour où il avait publié la composition d’un gouvernement restreint de 8 membres, il fixa une nouvelle date, le 12 avril 1964, pour les élections législatives.
Dès le 18 février Jean Hilaire Aubame su que l’armée française se préparait à intervenir. Il remit à Paul Cousseran une lettre pour assurer solennellement que les biens des étrangers seront protégés. Il convoqua le corps diplomatique après avoir adressé un message au secrétaire général de l’ONU. Malgré sa sympathie personnelle pour Jean Hilaire Aubame, Cousseran s’abstint et il refusa l’invitation.
Sanmarco Louis, Le colonisateur colonisé, Paris, 1983