À cette période des années 1950, triomphe un slogan : « patriotisme avant tout ⁸³⁵  ». La critique contre l’Église trouve son explication dans le fait que les missionnaires étaient indistinctement associés aux Blancs. En effet, au Congo Belge,

L’élite lettrée accuse les missionnaires de ne pas avoir favorisé les Noirs à « coopérer au développement du pays en attendant qu’ils le prennent en mains ⁸³⁷  ». Selon le Père Van Djick, Vice-président de l’Assemblée des Supérieurs Majeurs (ASUMA) au Congo en 1960, la cause des attitudes néfastes de l’élite à l’égard de l’Église peut être synthétisée par ces mots :

Ainsi, l’élite intellectuelle associa-t-elle les agents de christianisation avec ceux de l’Administration civile dans la volonté de freiner la promotion et l’émancipation du peuple.

Ce sentiment anticlérical, dans certaines régions du pays comme à Bukavu, à Kasongo, au Sankuru, alla jusqu’à la révolte et à la persécution de certains missionnaires. L’élite s’affirmait en s’opposant. Dans le diocèse de Butembo-Beni, la préparation politique des Noirs à leur indépendance semble avoir fait défaut à tel point qu’un missionnaire affirme que la conception de cet événement pour plusieurs devenait une source d’aspiration à la promotion sociale dans tous les secteurs de la vie, à savoir l’occupation de la place des Blancs par les Noirs ⁸³⁹ .

Néanmoins, cette critique « antimissionnaire » semble être e contredite par l’attitude de l’Église. Si elle s’impliquait pas directement dans les affaires politiques du pays, elle déclarait : « l’Église salue toujours avec joie l’heure où les peuples colonisés deviennent capables de diriger eux-mêmes leurs propres destinées ⁸⁴⁰  ». Par ailleurs, elle préconisait que les colonisés deviennent capables de diriger leur propre destinée, de collaborer activement au bien général, et de prendre part à la conduite des affaires publiques de leurs pays bien qu’elle ne puisse pas se prononcer sur les modalités de l’émancipation d’un peuple.

C’est pourquoi, elle s’était efforcée de promouvoir le clergé autochtone à son autonomie ⁸⁴¹ . Dans les années 1950, le Saint-Siège commença à ériger les vicariats apostoliques en diocèses avec des évêques autochtones ⁸⁴² pour montrer progressivement le caractère transitoire des missions européennes et son souci de dissocier l’organisation de l’Église locale des cadres métropolitains ⁸⁴³ .

Malgré ces déclarations, l’Église payait la confusion ou les relations ambiguës qui existèrent entre la mission et la colonisation, entre l’Eglise locale et les Eglises métropolitaines. Selon les différents contextes du moment, la mission s’accommoda de la colonisation, y voyant un moyen de « réussite pour l’évangélisation ». Claude Prudhomme souligne le sens de cette attitude missionnaire :

Cette double logique fut finalement une force pour les missions au Congo car le peuple ne pouvait pas affirmer que la mission était assimilable à la colonisation. La confusion entre mission et colonisation s’accompagne toujours d’une différentiation. Elle permit à l’Eglise de tirer son épingle du jeu et de s’adapter aux besoins du temps.

Le but ultime reste celui fixé, en 1951, par l’encyclique du pape Pie XII, Evangelii praecones : « Le but dernier des missions (…) c’est que l’Eglise soit fermement et définitivement établi chez de nouveaux peuples, et qu’elle y reçoive une hiérarchie propre, choisie parmi les habitants du lieu ⁸⁴⁵  ». Ce souci pousse l’Église à encourager l’implantation de l’Église locale en s’adaptant à la mentalité du peuple. La position des missionnaires se traduit dans cette affirmation que l’Église s’efforce, partout où elle arrive, de promouvoir un clergé : des prêtres, des évêques, issus du pays. Elle aide les populations à prendre conscience de leurs droits et à conduire tous leurs sujets vers une vie libre, honnête et prospère ⁸⁴⁶ .

Cette vision du développement des peuples est reprise par les Évêques qui déclarent en 1960 :

Quoi qu’il en soit, la marche vers l’indépendance n’a pas manqué d’avoir des répercussions sur la vie chrétienne. Dans le diocèse de Butembo-Beni, les critiques de l’élite jetèrent le trouble dans la population. Quant à l’élite, sans pour autant rompre avec l’Église, elle prit des distances vis-à-vis d’elle ⁸⁴⁸ . Son influence s’étendit sur les moniteurs-catéchistes qui s’éloignèrent de la vie paroissiale et abandonnèrent leur rôle pour un travail plus rémunérateur. Par conséquent, des villages éloignés de la paroisse furent privés des catéchistes avant de trouver un catéchiste volontaire et bénévole. Il y eut aussi une diminution et une irrégularité dans la fréquentation de la prière et la réception des sacrements ⁸⁴⁹ .

Enfin, douze missionnaires quittèrent le pays pour des raisons diverses. Les uns comme le Père Monulfe Bastians s’enfuit pour s’être attiré le courroux des policiers et des soldats parce qu’il avait aidé un colon à se mettre à l’abri du danger en lui favorisant la traversée de la frontière ougandaise. D’autres partirent parce qu’ils étaient « à bout de nerf »s. Il s’agit notamment des Pères Luc Joniaux et de Pius Visser. Certains noms des Pères Jean-Marie Pijpers, et Marcelin Libert étaient colportés comme figurant sur la « liste noire ». Le Père Julien Rogiers fut soupçonné d’être en possession d’un arsenal d’armes parce qu’il avait été aumônier des troupes en campagne pendant la seconde guerre mondiale.

D’autres encore, les Pères Guibert Baudet, Mattheus Van Herkhuizen avec son frère Stephanus, et le Père Conrad Groenen, aumônier de l’hôpital de Mutwanga, abandonnèrent le diocèse « parce qu’ils étaient écœurés de voir comment les éléments subversifs semaient le désordre général ». Le Père Conrad Groenen, dépassé par la situation du moment dut secouer la poussière de ses pieds à Kasindi après avoir traversé la frontière ougandaise ⁸⁵⁰ .

Enfin, le Père Marie-Jules Celis demanda à être rapatrié en Europe parce qu’il était persuadé qu’il serait la première victime du mouvement anti-européen. Il se reprochait « d’avoir été assez dur » avec l’un ou l’autre à l’école normale de Mulo. Maintenant que ses étudiants étaient devenus des évolués à l’heure de l’indépendance, il se décida à rentrer en Belgique, par crainte de la vengeance ⁸⁵¹ .

Ce départ massif des missionnaires ne doit pas laisser croire que dans le diocèse de Butembo-Beni, le mouvement anti-européen se généralisait dans toute la population jusqu’à en vouloir aux missionnaires. Malgré le trouble, la population locale gardait son calme ⁸⁵² et même certains soldats de l’armée régulière n’avaient nullement envie de nuire aux agents de l’évangélisation.

Ainsi, un des soldats noirs, tandis qu’il perquisitionnait avec sa troupe la paroisse de Beni pour récupérer les éventuelles armes qui y seraient cachées déclara : « Si les Blancs s’enfuient, c’est leur affaire, mais les Pères et les Sœurs doivent rester, car vous n’êtes pas comme les autres, nous avons besoin de vous pour notre pays ⁸⁵³  ».

Mgr Henri Piérard avec son vicaire général, le Père Théodard Steegen en firent l’expérience quand ils visitaient les communautés des Pères et des religieuses dans le diocèse sans « le moindre ennui ». Frappé positivement par cette expérience, l’évêque pouvait alors encourager ses missionnaires : « Nous ne pouvons à aucun prix déserter. C’est le moment ou jamais d’être les témoins du Christ autrement nous ne sommes que des farceurs ⁸⁵⁴  ».

Ce même sentiment se rencontre chez les religieuses. Une d’elles, la Sœur Jean Baptiste Mennessonécrit à leur maison généralice : « Nous ne pouvons partir que si on nous met dehors ⁸⁵⁵  ». Le fait de rentrer dans leurs postes, pendant et après le retour massif des colonisateurs en Europe, fit apparaître chez les chrétiens le désintéressement des missionnaires. Il suscita plus de confiance chez les fidèles malgré les critiques négatives des lettrés ⁸⁵⁶ .