Parmi les difficultés que les missionnaires assomptionnistes avaient à affronter dès le début de leur ministère dans le diocèse de Butembo-Beni figurent l’influence protestante, l’islam et autres religions. Parmi ces différentes confessions religieuses, certaines sont à longue date. Il y a des protestants de l’Unevangelized Africa Mission (UAM), introduit en 1927 à Kitsumbiro par Hulbert, un évangéliste venu du Kenya où son père était un missionnaire de l’Africa Island Mission.
De ce poste, le protestantisme 1470 s’est répandu dans la zone de Lubero jusqu’à s’implanter à Butembo à Katwa où se trouve son siège. De tendance puritaine, l’Unevangelized Africa Mission se consacre à prêcher l’Évangile en utilisant des « lettres de la semaine » et le cinéma. Les oeuvres sociales comme l’orphelinat, les centres médicaux, les écoles primaires et secondaires sont aussi des moyens d’évangélisation.
Ce groupe est une concurrence réelle avec le catholicisme dans le diocèse à cause du succès qu’il a obtenu, dans les années 1950, avec ses œuvres sociales de bienfaisance et la charité des missionnaires. Lors de la colonisation, la population trouvait avantageux de se mettre sous la protection des missionnaires pour échapper aux exactions et aux corvées de l’Administration civile.
Enfin, les conflits de familles dans les villages ont fait que certains quittèrent leur contrée pour s’installer dans les milieux protestants et se constituer en villages séparés au point d’être comme des marginaux dans la société traditionnelle. Un dernier élément, non moins négligeable, qui attire les chrétiens dans l’Unevangelized Africa Mission est la grande solidarité financière et commerciale qui existe entre les membres. Cette puissance commerciale vient de leur puritanisme : ce qui ailleurs va aux dépenses de boissons, de cigarettes, et de loisirs, constitue pour eux une source de capital en plus.
Mais, en 1986, cette recherche du pouvoir économique fut pour eux une source de division. Opposé au détournement d’argent et d’aide que l’hôpital de Katwa et l’école des infirmières bénéficiaient, M. Kalwahi se sépara des siens pour fonder avec ses partisans la Communauté Evangélique Baptiste en Afrique (CEBA). Un autre groupe protestant qui mérite une attention particulière est la Communauté Évangélique au Centre de l’Afrique (CECA) primitivement appelée Société Évangélique du Congo (EVACO).
Il fut introduit dans le diocèse au Nord de Beni, à Mwenda, au pied du Ruwenzori, en 1931. Il se développa à Oicha depuis 1932 avec des activités médicales qui furent leur lieu privilégié d’évangélisation et de recrutement. Le docteur Becker a connu une grande célébrité dans ses activités médicales et évangélisatrices en se penchant sur les exclus de la société, les lépreux auxquels il construisit de grands villages. La Communauté Evangélique au Centre de l’Afrique (CECA) rivalise avec le catholicisme et recrute parmi les catholiques et se montre partial dans ses activités. Les catholiques qui veulent recevoir de bons soins médicaux ou avoir un emploi chez eux sont obligés de se convertir à la Communauté.
Enfin, les Adventistes du septième jour s’installèrent à Rwese en 1941. Ils développèrent des oeuvres médicales et scolaires qui attirèrent les populations de la zone de Lubero. L’interdiction de la boisson et du tabac, des danses lascives et de la consommation de la viande du porc attiraient les adhérents catholiques qui ont connu des abus en ces domaines. Le repos du samedi est obligatoire en sorte que les élèves quittent ce jour la salle des examens d’État. Hormis le protestantisme, le diocèse connaît deux communautés orthodoxes à Beni et à Butembo, à partir de la période coloniale à cause de la présence des grecs. L’Église anglicane est plutôt récente.
Charles. MBOGHA, op. cit., p.203-207.