Au centre du monastère ainsi délimité se dresse l’édifice le plus sacré, l’église abbatiale. Du monument actuel, les éléments les plus anciens conservés en élévation sont la crypte, les parties basses du chevet, et l’essentiel du bras sud du transept. Au début du XIe s., cet ensemble s’accorde sans doute à l’extrémité d’une nef aujourd’hui disparue, plus étroite et plus courte que l’actuelle (ill. 61).
Si les principales observations sur la crypte et le chevet avaient déjà été faites par J. Henriet et C. Sapin286, nous avons pu de notre côté, apporter quelques compléments à l’occasion de la fouille du déambulatoire en 2002 (cf. ill. 46). Mais bien avant, nous nous étions intéressé au bras sud du transept : nos observations sur ses élévations supérieures, et nos relevés détaillés à sa base, ont permis de démontrer que pour de larges portions, il devait être rattaché à cette campagne (cf. ill. 62, 63, 64)287.
HENRIET 1990, et SAPIN 1995 a et b.
A ce sujet, il nous faut remercier M. l’abbé Bachelet, curé de Saint-Philibert dans les années 1990, pour nous avoir permis, de décaper la base du mur sud du transept, dans les locaux de l’aile orientale du cloître (avec l’aide de M. Sorrentino, maçon), et d’accéder aux toits du déambulatoire et du cloître, afin d’examiner de près ses parties supérieures.