Les travaux de la campagne précédente se poursuivent, sans interruption notoire, dans l’achèvement des parties hautes du vaisseau central de la nef. Son couvrement est alors assuré par une série de voûtes en berceaux transversaux. Ces berceaux sont portés par des murs diaphragmes surmontant les arcs doubleaux de la nef, eux-mêmes reçus par des demi-colonnes coiffées de chapiteaux sculptés, prises dans les maçonneries hautes de la nef. Le tout est contrebuté de chaque côté par de solides contreforts extérieurs, en fort relief au-dessus des bas-côtés. La lumière parvient directement à l’intérieur, grâce aux fenêtres percées dans les lunettes des voûtes, entre les contreforts : elles sont cintrées et à ébrasement interne, avec un très léger évasement des piédroits vers l’extérieur (ill. 108, 112 et 114, et 145).
Mais avant l’achèvement des parties supérieures de la nef, le transept a été refait - ou du moins son bras sud. On a conservé à la base de celui-ci, sur quelques mètres de hauteur, les structures du premier quart du XIe s. - déjà remaniées entre temps - et on a même gardé la totalité de son absidiole orientale, avec le départ du pilastre médian qui la surmontait. Mais on a repris toutes les parties hautes, en commençant par le mur ouest, remonté d’emblée sur la hauteur du collatéral de la nef. Enfin, si dans l’angle sud-ouest,ce mur s’arrête sur un solide contrefort droit au-dessus de la galerie de cloître, à l’aplomb de celui du début du XIe s. (mais peut-être en plus fort relief), l’autre angle du transept connaît désormais deux épais contreforts croisés ; un autre est encore dressé à mi-chemin de sa face orientale, au-dessus de la jonction de l’absidiole et du déambulatoire du chœur des environs de 1020. (ill. 146, et 147 à 151). Ce dispositif laisse penser qu’on aura au moins prévu un voûtement : rien ne dit qu’il ait été effectivement réalisé, les voûtes actuelles étant plus tardive (infra, B1. Prospérité...).
Peut-être aveugle à l’ouest487, ce croisillon est percé de deux nouvelles fenêtres hautes à l’est, entre les contreforts. Elles sont cintrées, et simplement ébrasées vers l’intérieur (ill. 146 et 148).
Ces fenêtres présentent quelques particularités : vues de l’intérieur, elles sont mal centrées par rapport au doubleau de la voûte actuelle, alors qu’elles le sont parfaitement, de l’extérieur, entre les contreforts ; leurs allèges ont été raccourcies à l’extérieur, mais non à l’intérieur : cela est dû aux transformations ultérieures du transept. Enfin, elles sont décalées en hauteur l’une par rapport à l’autre, à cause de la voûte du déambulatoire préexistant (ill. 146 et 148).
Toute la partie médiane du mur ouest a été remaillée sur l’extérieur, lors des restaurations du XIXe s. (cf. ill. 112, et 150 / 152). En fait, cette reprise correspond au bouchage d’une fenêtre à remplage du XIVe s., dont on devinait auparavant l’emprise sous les enduits, depuis l’intérieur du transept, et qui a été partiellement dégagée (mais non débouchée), lors de la restauration des Monuments Historiques intervenue en 2001 (cf. infra, C. La mutation du XIVe s.). Il n’est pas exclu qu’elle ait pris la place d’une fenêtre plus ancienne.