Les dernières décennies du XIe s. ont mené à bien la reconstruction de l’église abbatiale, pousuivie sans relâche depuis les années 1020. Nous avons détaillé le déroulement chronologique de ce chantier qui ne s’arrête jamais, mais qui ne semble retrouver toute sa vigueur, que dans le dernier quart du XIe s. La campagne s’achève ici, dans la foulée de la reprise du transept, par l’édification d’un grand bâtiment oriental sur le cloître, sans doute terminé peu après 1100. Celui-ci abrite le dortoir, en relation directe avec l’église pour les offices de nuit, et entre deux autres pièces, une salle du chapitre qui n’existait pas forcément auparavant.
Malgré le ralentissement probable des travaux après la mort d’Ardain, l’impression dominante reste celle d’une grande continuité avec le projet de cet abbé, parachevant l’œuvre entreprise au début du XIe siècle. Cette campagne finale serait due à l’entreprenant Pierre 1er, abbé de Saint-Philibert de 1066 à 1105 - et réputé enterré dans le transept qu’il aura rénové. C’est probablement aussi en allusion à cette activité, que le chroniqueur Falcon aura fait son éloge, vers la fin du XIe s.561.
Eloge certes convenu, puisqu’il s’agissait de son propre abbé ! « Diverse testantur supellectilis ornamenta, domorum etiam vel caeterarum nova constructio officinarum, ecclesiarum quoque multarumque aquisicio possessionum »: (« En témoignent de plusieurs façons les décors mobiliers, mais aussi la construction nouvelle de bâtiments ou d’autres édifices utilitaires, ainsi que l’acquisition de nombreuses églises et propriétés ») : FALCON, chap. 47 (JUENIN, Preuves, p. 27, et POUPARDIN 1905, p. 104). Sur cet abbé, cf. supra, I. Le contexte historique, XIe-XIVe s.: 4.1.1. L’abbé - avec les renvois qui figurent à cet endroit.