Parallèlement à la restauration de l’église abbatiale au nord, l’aile méridionale du cloître est rebâtie à neuf à cette époque. Il en subsiste un grand édifice, occupé essentiellement par l’ancien réfectoire, mais aussi par les restes (très remaniés et presque méconnaissables) d’une tour occupant toute la largeur du bâtiment à son extrémité orientale, dominant l’angle sud-est du cloître (ill. 168, 186 et 187). Il n’est pas impossible que l’achèvement de cette tour ait été précédé de remaniements des maçonneries hautes du dortoir voisin, pour cause de raccord à des maçonneries plus anciennes (cf. ill. 195 et 196). Quant à la cuisine à plan centré qui venait compléter cette aile à son extrémité ouest, elle a été complètement rasée au XVIIe s.597 ; nous en avons fouillé les vestiges, en 1992 et 1994 (ill. 46, 168, et 200 à 213).
La « vieille cuysine » encore attestée en élévation en 1562, à une époque où elle n’est déjà plus en service (« Mémoyre des dégasts... », in BERNARD 1914, p. 75), aurait été démolie en 1656 d’après J. Martin (MARTIN 1900, p. 271).