1. L’église

Au flanc nord de l’église abbatiale, le XVe s. aura encore ajouté deux chapelles jumelles (dédiées à Saint Blaise et à Notre-Dame de la consolation); l’une d’elles coupe la chapelle Saint-Georges à l’est. Bâties de blocs sciés de grand appareil assemblés à joints très fins, elles sont voûtées d’ogives qui descendent très bas dans les angles, où elles sont reçues par des bases polygonales. Les deux chapelles sont éclairées par de grandes verrières à remplages. Selon Juénin, Louis de La Palu, cardinal de Varembon, se vanterait dans son testament d’avoir fait construire l’une et l’autre, alors qu’il était abbé de Tournus (de 1413 à 1431) ; mais celle de Saint-Blaise aurait été financée, en 1425, par un riche habitant de Tournus, Barthélémy de Monteil, docteur en médecine, qui s’y est fait enterrer ⁷⁹⁵.

De l’autre côté de la nef, le renfoncement qui dans le mur sud, accueille aujourd’hui l’autel et la statue de Notre-Dame-la-Brune, est en réalité l’enfeu de l’abbé Hugues de Fitigny (mort en 1471), dont le tombeau a été démoli lors du sac de 1562. L’architecture de faux pinacles et le décor de flammèches et de choux frisés, les moulures de l’archivolte, sont typiques de la seconde moitié du XVe s. - bien que le style des peintures, centrées sur la scène du Couronnement de la Vierge, évoque plutôt la fin du XIVe⁷⁹⁶. De manière générale, jusqu’au XVIIIe s., ecclésiastiques et laïcs se font de plus en plus souvent inhumer dans toute l’église⁷⁹⁷.

Bien d’autres transformations importantes ont eu lieu à traversl’abbatiale après le XIVe s. Les différences de niveaux de circulation du sanctuaire ont été supprimées et un sol de carreaux de terre cuite établi dans le déambulatoire du chœur, sur un remblai masquant la mosaïque du XIIe s., après divers comblements de lacunes à base de tomettes, entre la fin du moyen âge et le XVIIIe s. Les entrées des chapelles rayonnantes ont été retaillées. Et Saint-Julien de Balleure mentionne sans les préciser, à propos de l’abbé de Toulonjon (1471-1498) des « réparations faites à l’Eglise (dont ses armes semées partout font foi) »⁷⁹⁸.  Les restaurations opérées depuis le XIXe s. ont annihilé la majeure partie de ces reprises : J. Henriet a relevé ce que les sources écrites et iconographiques, et notamment les compte-rendus des travaux des XIXe et XXe s., pouvaient nous faire revivre. On se contentera de rappeler le principal objet disparu, la clôture du chœur⁷⁹⁹.