La galerie méridionale du cloître aura fait l’objet de travaux importants à la fin du XVe s. Il en subsiste une voûte sur croisée d’ogives reçue par des culots moulurées, et l’amorce d’une seconde qui s’étendait vers l’est : du côté du préau, sa mise en place a entraîné une reprise de l’arcature du XIIe s., dont un support a été transformé en solide pilier quadrangulaire, ornée de colonettes sur bases polygonales aux angles. Le profil des ogives est très proche de celle des chapelles nord de l’église, et la colonnette du pilier reprend le vocabulaire habituel de l’architecture du milieu et de la seconde moitié du XVe s.800. Pourtant, J. Martin, attribue avec raison ces travaux à l’abbé Jean de Toulonjon (1471-1498), qui selon Juénin aurait fait réparer « le cloître où il est représenté en peinture sur une muraille, et partout on voit ses armoiries »801. Ces peintures ont disparu, mais les armoiries ne devaient pas tromper. J. Martin croit identifier « une salle » sous ces deux voûtes, sans doute influencé par le fait que cet espace a été fermé depuis (ill. 58) : mais il n’y a pas lieu d’y voir autre chose qu’une galerie de cloître.
Au demeurant, les travaux de l’abbé de Toulonjon ont dû s’étendre aussi à la galerie orientale : notre relevé de la façade du chapitre et du dortoir a montré les traces d’un voûtement tardif, retombant sur des culots aujourd’hui bûchés, mais où l’on peut reconnaître le profil exact de ceux de la galerie sud. Les structures supérieures deces voûtes de la fin du XVe s. ont d’ailleurs dû obstruer, au moins en partie, les fenêtres du dortoir - qui ne devait déjà plus servir à tous les moines (les culots plus ou moins bûchés encastrés dans le mur du dortoir, entre les arcades romanes et gothiques du chapitre, figurent sur les il. 157 et 164).
A partir de la sécularisation, les trois galeries, ouest, sud et est, ont été démolies et remplacées par des maisons de demi-chanoines. Celles-ci sont responsables, entre autres, de modifications et percements en façade du dortoir, à l’emplacement de la galerie orientale (cf. ill. 157). Le préau du cloître a été conservé comme « cour des demi-chanoines », et le puits qui subsiste au milieu du jardin doit dater du XVIIe ou du XVIIIe s. (cf. ill. 2 et 100). La galerie nord, elle, a été murée, et c’est comme chapelle attenant à l’église qu’elle est encore décrite en 1905, par le chanoine Curé. Son dégagement, ainsi que la présentation actuelle des galeries sud et est, ne remontent qu’aux travaux de restauration des Monuments Historiques, dans les années 1950-60.
A ce sujet, cf. SAINT-JEAN VITUS 1988 - en particulier le chapitre « Maisons de pierre. Datation. Evolution des ouvertures », p. 60-72.
JUENIN, I, p. 240 - cité par MARTIN 1900, p. 269. Voir aussi MARTIN 1900, p. 277.