Nous n’avons pas connaissance de transformations dans l’aile orientale avant le XVIIe s., et ne savons pas à partir de quand le dortoir est abandonné: les moines ont dû le quitter peu à peu, avant la fin du XVe s. 802. Sans doute a-t-il été d’aborddivisé en cellules par l’aménagement d’un couloir du côté du cloître, qui au départ, devait encore desservir l’escalier des mâtines, en direction du transept (cf. supra, A3. L’aboutissement du projet... 2.2.5. L’étage du dortoir et son escalier d’accès).
Les principaux travaux affectent ce bâtiment après la chute de sa toiture en 1656 803 : les réparations traînent une dizaine d’années, et on finit par abbattre la partie méridionale, transformée en une cour, fermée du côté du préau par un mur qui fait office de mur de terrasse. C’est désormais la bibliothèque du chapitre, qui va s’installer à l’étage. En 1666, le chapitre est transformé encuisine. En 1668, le cardinal de Bouillon aurait fait pratiquer un passage lui permettant de se rendre directement du logis abbatial à l’église, via l’étage du dortoir. Une porte percée vers cette époque à mi-hauteur, dans la partie sud de l’élévation subsistante, en façade orientale du bâtiment, et derrière le seuil de laquelle ont été dégagées en 1994 quelques marches en direction de l’étage, est la seule qui puisse lui correspondre : elle fait effectivement face au palais abbatial de la fin du XVe s. (cf. ill. 158). Une autre porte à hauteur de l’étage, du côté de l’église cette fois-ci, remplaçant le passage de l’escalier vers le transept (et aujourd’hui murée), doit alors livrer accès à une tribune au-dessus du transept, peut-être réservée à l’abbé (cf. ill. 159 et 160).
Enfin, les derniers travaux conséquents datent de 1727 : le cardinal de Fleury fait réparer la salle du chapitre qu’il transforme en un nouvel auditoire de justice, et reconstruire l’actuelle façade sud. Celle-ci est percée d’une belle porte d’entrée et de plusieurs fenêtres, au rez-de-chaussée et à l’étage ; inévitablement, la toiture du bâtiment est reprise à ce moment-là. L’espace vide devant cette nouvelle façade est alors transformé en une allée plantée de tilleuls ; ce n’est qu’après la Révolution et au cours du XIXe s. que des maisons y sont construites, laissant la place du passage actuel pour accéder à la cour de l’ancien cloître.
Quant aux restaurations des années 1950, elles auront démoli des maisons et débouché les arcades du rez-de-chaussée sur le cloître, ménageant les fenêtres, qui jusqu’en 1994, éclairaient la salle du chapitre804.
A titre d’exemple, on mentionnera la donation, en 1484, d’une maison sise à l’intérieur du « cloître », c’est-à-dire de l’enclos monastique, à Jacques de la Roche, chantre, et à tous ceux qui lui succéderont en son office de Chantrerie (A.D.S.L., H 185) : à cette date au moins, certains dignitaires s’installent donc dans des maisons particulières : la situation s’est généralisée, et il n’y a plus que « dix petites chambrettes servans aux religieux closturés » au dortoir en 1562, d’après le « Mémoyre des dégasts... » (BERNARD, 1914, p. 38).
Sur toutes les transformations modernes, cf. MARTIN 1900, p. 272-273 et 275-277, ainsi que les « visites » sur lesquelles il s’appuie. Nous avons déjà eu l’occasion plus haut de discuter certaines de ses interprétations (supra, A3. L’aboutissement du projet... 2.2.5. L’étage du dortoir et son escalier d’accès).
Cf. BERRY 1957 et BERRY 1973.