Les villes anciennes comme Chalon ou Mâcon voient leur territoire morcelé entre les différentes autorités laïques et ecclésiastiques : aussi le statut des habitants y est-il très variable. La part de Chalon dépendant du duc bénéficie de quelques concessions en 1234 ; Mâcon aurait reçu des chartes de coutumes (plutôt que des « franchises ») au temps des comtes, c’est-à-dire avant 1239. Dijon, elle, forme une commune reconnue par le duc dès 1183. Cet exemple est suivi sur les terres ducales par les villes secondaires de Beaune, Montbard, Vitteaux, et Semur, au cours du XIIIe s. ; dans le même temps, les petites agglomérations d’Avallon, Talant, et Saint-Jean-de-Losne, gagnent quelques privilèges. Dans tous les cas, les « libertés », octroyées petit à petit, restent limitées.
A Cluny, les habitants, entièrement dépendants de l’abbaye, obtiennent la rédaction de chartes de coutumes dans la seconde moitié du XIIe s. : elle garantit définitivement leur liberté personnelle, et précise sans ambiguité leurs droits et obligations, ce qui en fait des privilégiés dans la région ; mais cela ne constitue en aucun cas une mesure d’affranchissement. Ailleurs, les tensions entre seigneurs et habitants sont parfois très fortes : le cas le plus célèbre en la matière, est celui de Vézelay826.
Sur ces questions, cf. GARNIER - CHAMPEAUX 1918. Sur Chalon, Dijon et les villes ducales: RICHARD 1954 et 1954 b, et Histoire de la France urbaine , 1980, t. 2 : La ville médiévale . Sur le Mâconnais, Mâcon et Cluny : DUBY 1953 (1988), p. 272-273, 313-314, et 449-457, et spécialement sur Cluny, MEHU 2001, p. 365 - 392 et 455 - 485. Sur Vézelay, cf. CALMETTE-DAVID 1951, p. 128 - 157, et CHEREST 1976.