Dès 1856, le préfet C. Vaïsse fait remblayer certaines rues de la Presqu’Ile pour assurer l’insubmersibilité des quartiers qui avaient le plus souffert de l’inondation. Ces travaux ont coûté 500 000 f et concernaient une partie de la rue Impériale, toutes les rues aboutissant à la rue de la Préfecture ainsi que le quai Saint-Antoine remblayé dans le cadre de l’ouverture de la rue Grenette.
En rive gauche du Rhône, on décida d’achever le plus rapidement possible le programme de remblaiement des rues des Brotteaux lancé en 1854, qui concerne toutes les voies ouvertes à la circulation et plus ou moins bâties. A l’origine, avant que la catastrophe de 1856 ne rende prioritaire la défense contre les inondations, il était prévu d’étaler la dépense des travaux sur plusieurs années. De 1854 à 1856, la ville avait déjà consacré 600 000 francs à l’exhaussement de certaines rues, mais on était encore bien loin d’avoir achevé l’entreprise. A l’été 1856, il restait à surélever 51 rues, soit une longueur totale de 40 000 m de voirie, pour une dépense de 1,5 million de francs. Pour garantir l’insubmersibilité de toutes les voies carrossables, leur niveau fut élevé au-dessus de la cote du radier des égouts. Le volume du remblai prévu était de 614 000 m3 122. On décida également d’achever le remblaiement des rues du quartier de Perrache, mais la préséance fut donnée à la rive gauche, bien plus touchée par l’inondation de 1856, et dont les habitants réclamaient haut et fort l’amélioration de leur situation. Les travaux de nivellement des parcelles furent quant à eux laissés à la charge des propriétaires. Il fallut six ans pour achever les travaux, en suivant l’ordre des constructions123.
Les matériaux utilisés sont de double nature : 584 834 m3 de terre et 29 012 m3 de gravier.
AML925WP227, Rapport de l’ingénieur en chef Bonnet sur les inondations du Rhône et de la Saône pendant le mois de mai 1856 et sur les travaux à exécuter pour protéger la ville de Lyon contre les crues des deux rivières