En 1991, le Syndicat Mixte d’Etude pour l’Aménagement du bassin de la Saône et du Doubs (SMSD) est créé pour favoriser la gestion globale du système fluvial et des crues à l’échelle du bassin versant. La stratégie d’action de cet Etablissement Public Territorial de Bassin, qui regroupe trois régions et huit départements, s’appuie notamment sur la mise en œuvre d’un Plan de gestion du Val de Saône (234 communes et 72 000 ha inondables) qui s’inscrit dans le Schéma d’Aménagement et de Gestion des Eaux du bassin Rhône Méditerranée Corse et comprend une série de cent mesures visant en particulier à protéger les lieux habités, améliorer les conditions d’écoulement de la rivière et le fonctionnement des ouvrages de navigation, maîtriser l’urbanisation et le développement industriel et préserver les champs d’expansion des crues. Après une phase d’étude et de concertation, ce programme d’action a été approuvé le 28 novembre 1997 par le Comité de Bassin RMC et le Préfet coordinateur. Sa mise en œuvre s’appuie sur trois contrats de vallée inondable d’une durée de cinq ans chacun, dont le premier a été adopté par le Comité National des Contrats de rivière le 7 juillet 1998 et paraphé par l’ensemble des partenaires en 2004. Il est animé par le SMSD et piloté par une instance décisionnelle constituée par l’arrêté préfectoral du 25 novembre 1999 : le Comité de Vallée Inondable du Val de Saône, qui comprend 127 membres et regroupe les collectivités territoriales et les établissements publics de coopération intercommunale, les usagers ainsi que les administrations et les établissements publics intéressés par la gestion du Val de Saône. Trois orientations ont été retenues pour le premier contrat : la préservation de la ressource en eau, la gestion de l’inondabilité de la vallée à travers la protection et la prévention contre les crues, et enfin la gestion et la mise en valeur de la rivière et la préservation des milieux naturels.
Concernant la gestion de l’inondabilité, le programme proposé s’appuie sur la convention d’objectifs « gestion de l’inondabilité et protection des lieux habités contre les crues » signée entre l’Etat et le SMSD en 2001 afin de promouvoir une « gestion globale, concertée et coordonnée du risque d’inondation ». Un des enjeux principaux est d’améliorer la sécurité de la population. Prenant acte du fait que « la protection totale contre les inondations [n’est] pas envisageable », le principe d’action se décline en trois thématiques262 :
Contrat de Vallée Inondable de la Saône, document contractuel, 2004, art. 3.2