L’intensification et la généralisation de l’exploitation du littoral lors de la HCE n’ont pas laissé les utilisateurs des estrans ou les riverains impassibles. Les premiers ont été les pêcheurs et les cultivateurs d’algues qui voyaient disparaître leur zone de pêche ou d’exploitation. Une série de conflits a ainsi émaillé la construction des ZIP du Keihin et du Keiyô, réglés par des subventions aux coopératives de pêcheurs. Ces dernières ont ainsi progressivement abandonné leur droits de pêche coutumiers et l’activité a pratiquement disparu de la baie de Tôkyô : il ne reste plus que deux ports de pêche dans le département de Chiba à Ichikawa et Funabashi.
Le temps des « poissons qui puent » (Pelletier, 1992) et des canaux infestés par les marées rouges (akashio赤潮, phénomènes d’eutrophisation) tendent de plus en plus à s’inscrire dans le passé. C’est aussi ce qui a permis le retour des plaisirs sur l’eau, promenades ou bateaux restaurants. Les nouvelles pollutions, les marées bleues 173 (aoshio青潮) sont tout aussi problématiques du point de vue de l’écologie marine, mais ne causent pas de nuisances aux populations.
Dans le même temps, la contestation face aux aménagements côtiers a changé d’objet et de personnes. Le cas du conflit de Sambanze, est en cela particulièrement démonstratif.
Raréfaction de l’oxygène dans l’eau qui conduit à une disparition de la faune et de la flore, donnant une couleur bleu-vert à l’eau. Un phénomène surtout présent dans le fond de la baie, à Funabashi et Ichikawa (Watanabe et Tsushiya, entretiens 2005).