La théorie d’un déficit de la théorie de l’esprit est une théorie très séduisante. Elle permet d’expliquer les déficits de communication et de socialisation mais peine à expliquer à elle seule l’ensemble des troubles liés à l’autisme, notamment ceux qui n’ont pas trait à un déficit de socialisation. Ainsi, Frith (1989a, 2003) et Happé (1999) ont élaboré une seconde hypothèse qui n’est pas contradictoire avec celle de Baron-Cohen mais plutôt complémentaire. Une partie des troubles de l’autisme serait dû à une faiblesse de leur cohérence centrale.