Si la voie magnocellulaire se caractérise par la conduction rapide des informations en réponse à des stimulations visuelles brèves, à succession rapide, les données supportant l’idée selon laquelle les dyslexiques ont des difficultés à traiter ce genre de situation (e.g., Visser, Boden, & Giaschi, 2004) prêtent toutefois à controverse19 (e.g., Chiappe et al., 2002 ; Hutzler, Kronbichler, Jacobs & Wimmer, 2006 ; Skottun, 2000) et seraient même contradictoires (e.g., Amitay et al., 2002). Pour Skottun (2000 ; 2005), la dyslexie ne serait pas causée par un déficit magnocellulaire, car les troubles dans la discrimination des contrastes ou des fréquences ne seraient pas suffisamment consistants. Bien au contraire, ils ne se retrouveraient que très rarement et que chez certains dyslexiques (e.g., Ramus et al., 2003b). Une des dernières explications avancées propose que sur la minorité de sujets présentant des déficits magnocellulaires (≈ 0 à 50%, Ramus, 2003), ceux-là auraient en fait des troubles attentionnels ou d’hyperactivité associés (e.g., Kronbichler et al., 2002).
Enfin, la validité de certains tests employés pour mesurer les troubles de mouvements cohérents et de sensibilité aux contrastes spatiaux a été remise en cause (Skottun, 2000) en arguant que les faits psychophysiques ne sont pas assez spécifiées et ne rendent pas compte précisément des substrats neuronaux sous-jacents (pour une tentative de mise en relation de la voie magnocellulaire avec les processus perceptuels sous-tendus et les troubles en lecture, voir Boden & Giaschi, 2007). Stein, Talcott et Walsh (2000) remettent en question les critiques de Skottun (2000) en précisant que la théorie magnocellulaire n’est pas que visuelle, mais aussi motrice, auditive et somesthésique. Selon les auteurs, il s’avèrerait nécessaire de les relier entre elles pour réconcilier la présence de toutes les manifestations de ces troubles.
Ramus (2003) décrit une explication alternative pour certains dyslexiques qui pourraient souffrir de stress visuel, non relié à un déficit magnocellulaire. Il s’agirait de troubles migraineux et de confusions visuelles dus à des difficultés pour traiter l’alternance de zones de faibles et de fortes luminances.