Les autels secondaires – qui permettaient aux autres prêtres de célébrer la messe lorsque la concélébration n’était pas possible – sont extrêmement nombreux. Pour cette étude, on en compte cent trente deux. De manière globale, chaque église possédait deux chapelles – de chaque côté du chœur ou sur les bras du transept – vouées le plus souvent à la Vierge et au Sacré-Cœur ou à saint Joseph, mais certaines églises possèdent aussi des chapelles latérales, le long des collatéraux ; toutes ses chapelles possèdent des autels.
Le nombre de ces exemplaires ne permet pas de les tous voir en détail. Les nuances de styles sont subtiles ; il est plus évident de les regrouper par degré d’élaboration, c’est-à-dire selon le caractère général du dispositif, sa richesse et l’ampleur du programme. Il est ainsi possible de distinguer six types.
Dix-neuf autels avec grands retables sculptés formant des ensembles unitaires371, à l’exemple du très riche monument néogothique qu’est l’autel de la Vierge à l’église Saint-Bonaventure (cat. 513). Le tombeau de l’autel abrite une sculpture de la Mort de la Vierge, au-dessus du tabernacle est juchée une Vierge à l’Enfant et l’ensemble est enchâssé dans un grand retable architecturé et divisé en cinq parties pour abriter des reliefs figurant des épisodes de la vie de la Vierge (voir pp. 162-163). Mais ces autels avec de grands retables sculptés peuvent être plus sobres, comme celui de la Vierge à Notre-Dame Saint-Louis (cat. 403) dont le retable forme un simple cadre, conçu de fins pilastres et d’un entablement léger, pour servir de fond à la statue. De manière assez semblable, dix autels avec un retable intègrent une peinture et constituent un ensemble372. Vingt-sept autels sont enchâssés avec une ronde-bosse, dans un cadre architectural lui-même plus ou moins inséré dans l’architecture de l’église373 ; les exemples les plus riches sont les chapelles latérales de la basilique de Fourvière où les autels et leurs retables sont étroitement imbriqués dans l’architecture ; les plus simples sont les chapelles de la Vierge (cat. 772) et du Sacré-Cœur (cat. 773) à l’église Saint-Pierre de Vaise, où les autels s’insèrent dans des absides en cul-de-four décorés en harmonie avec la statue, l’autel et la barrière. Seize autels constituent de petits ensembles peu élaborés374. Ce sont en fait des autels avec de petits retables, parfois simplement dotés d’une statue ou d’un second gradin allant jusqu’à faire un muret derrière l’autel. Ce rebord peut être lisse, comme aux chapelles Saint-Joseph (cat. 585) et du Sacré-Cœur (cat. 587) à l’église Saint-François-de-Sales, ou travaillé de motifs néogothiques comme pour les autels de Saint Joseph et du Sacré-Cœur à l’église Saint-Georges (cat. 606), ou structuré dans un goût néoclassique, par des pilastres et un entablement pour les autels de Saint Joseph (cat. 658) et du Sacré-Cœur (cat. 660) à l’église Saint-Just. Trente-et-un autels sont autonomes par rapport à leur environnement375, c’est-à-dire qu’ils sont si peu intégrés qu’ils pourraient paraître simplement scellés et interchangeables, sans tenir compte de leur style qui demeure plus ou moins en accord avec leur environnement. Dix autels sont simples, leur tombeau est creux et la table est supportée par des colonnettes376. Enfin il est possible d’ajouter huit autels en bois377 formant systématiquement des ensembles dont certains sont assez sophistiqués, ceux des chapelles de Saint-Antoine de Padoue (cat. 492) et de Saint-François d’Assise (cat. 495) à l’église Saint-Bonaventure sont ainsi assez importants.
Autel de la Vierge à Notre-Dame Saint-Louis (statue par Fabisch ; 403) ; autel de la mise au tombeau à la primatiale Saint-Jean (cat. 892) ; autel Saint Vincent de Paul (cat. 746) et autel Saint Joseph (cat. 747) à Saint-Paul ; autel de la Trinité et autel du Sacré-Cœur à Saint-Nizier (cat. 720) ; autel de la Vierge (cat. 788) et autel du Sacré-Cœur (cat. 784) à Saint-Polycarpe ; autel de l’Assomption à Saint-François de Sales (cat. 586) ; autel Saint-Joseph, autel du Sacré-Cœur et autel de la Vierge à Saint Bonaventure ; autel de la Vierge (cat. 855) et autel du Sacré-Cœur (cat. 854) à Sainte-Croix ; autel de la Vierge à Saint-Just (cat. 657) ; autel du Calvaire, autel de la Vierge, autel du Sacré-Cœur, autel Saint Jean-Baptiste à la Rédemption.
Autel Saint-Louis à Notre-Dame Saint-Louis ; autel Saint-François-Xavier et autel Notre-Dame de Pitié à l’église Saint-Paul ; autel Sainte-Philomène à Saint-Nizier (cat. 719) ; autel Saint François de Sales, autel des Anges à Saint-Bonaventure (cat. 493) ; autel Saint Just à Saint-Just (cat. 659) ; autel de la Vierge et autel de l’Enfant Jésus à Saint-Georges (cat. 604, 607).
Autel de la Vierge à Saint-Nizier (XVIIIe siècle ; cat. 716) ; autel du Sacré-Cœur à la primatiale Saint-Jean (cat. 890) ; autel de Saint Jean-Marie Vianney, autel de Sainte Jeanne d’Arc, autel du Sacré-Cœur, autel de la Vierge à l’église Notre-Dame de Saint-Vincent ; autel de la Vierge à Saint-Martin d’Ainay (cat. 674) ; autel de Sainte-Thérése de l’Enfant Jésus (XXe siècle, cat. 588) à Saint-François-de-Sales ; autel de Notre Dame de Pitié à Saint-Bonaventure (cat. 512) ; autel du Sacré-Cœur (cat. 773) et autel de la Vierge (cat. 772) à Saint-Pierre de Vaise ; autel de Sainte Madeleine, autel Saint Joseph, autel du Sacré-Cœur à l’église de l’Hôtel-Dieu ; autels de la Nativité de la Vierge, de la Présentation de la Vierge, de l’Annonciation, de la Visitation, des Noces de Cana, de la Crucifixion, de la Pentecôte, de l’Assomption, à la basilique de Fourvière
Autel de la Vierge et autel de Saint Joseph à Saint-André (cat. 339, 440) ; autel de la Vierge à la primatiale Saint-Jean ; autel de la Vierge et autel du Sacré-Cœur à Saint-Denis (cat. 543-544) ; autel du Saint-Sacrement à Saint-Polycarpe ; autel du Sacré-Cœur et autel de Saint Joseph à Saint-Just (cat. 660,658) ; autel de la Vierge et autel du Sacré-Cœur à Notre-Dame de Bon-Secours (cat. 353 et 355) ; autel de la Vierge et autel du Sacré-Cœur à Saint-Georges (cat. 604, 606) : autel de Saint Joseph et autel du Sacré-Cœur à Saint-François-de-Sales (cat. 585, 587) ; autel de la Vierge au Saint-Nom-de-Jésus (cat. 304) ; autel de la Vierge au Saint-Sacrement (cat. 324).
Autel Saint Jude et autel Saint Joseph (détruit) à l’Immaculée Conception ; autel de la chapelle des Bourbon, autel des Archanges à la primatiale Saint-Jean (cat. 893) ; autel de la Vierge, autel Saint Louis de Gonzague, autel Saint Laurent, autel du Sacré-Cœur et autel du Calvaire à Saint-Paul ; autel Saint Benoît, autel Saint Badulphe (cat. 676, 677) à Saint-Martin d’Ainay ; autel de la Vierge (cat. 831) et autel du Sacré-Cœur (cat. 833) à Sainte-Blandine ; autel Saint Jean-Baptiste ( ?) à Saint-Bonaventure (cat. 496) ; autel de la Vierge et autel du Sacré-Cœur et autel/tombeau de saint Gébouin ou Jubin archevêque de Lyon à Saint-Irénée (cat. 626) ; autel de Saint-Joseph et ancien autel de la Vierge à Notre-Dame de Bellecombe (cat. 339, 340) ; autel de la Vierge et autel du Saint Sacrement à Saint Camille (XXe siècle) ; autel de la Sainte-Famille à Saint-Joseph (déplacé ; cat. 643) ; autels Sainte Madeleine, sainte Philomène, Sainte Anne, Sainte Thérèse de Lisieux, Saint Pierre, Saint François de Sales, Saint Joseph, Saints Anges, à Saint-Bernard (cat. 466-474).
Autel de Saint Joseph (cat. 675) et autel de la crypte Sainte-Blandine (cat. 678) à Saint-Martin d’Ainay ; autel Saint Joseph (cat. 640) et autel de la chapelle des morts de la guerre à Saint-Joseph des Brotteaux (cat. 639) ; autel de Saint Zacharie à Saint-Irénée (cat. 627) ; autel de la Vierge au Sacré-Cœur ; autel de Sainte Thérèse de Lisieux et autel de Saint joseph à Saint-Augustin ; autel de la Vierge et autel du Sacré-Cœur à Saint-Euscher.
Autel Saint Jean-Baptiste (cat. 891) et retable portatif de la Vierge à la primatiale Saint-Jean ; autel Saint-Michel (cat. 686) à Saint-Martin d’Ainay ; autel Saint-Antoine de Padoue (cat. 492) et autel Saint François d’Assise (cat. 495) à Saint-Bonaventure ; autel Sainte Blandine (cat. 832) et autel Saint Antoine de Padoue (cat. 834) à Sainte-Blandine ; autel de Sainte Thérèse de l’Enfant Jésus à Saint-Georges (cat. 603).