L’aménagement du Rhône se modifie à partir des années 1850 dans un contexte tout à fait particulier. D’une part, l’hydrologie rhodanienne est marquée par un événement crucial : la grande crue générale de 1856. D’autre part, le contexte économique est bouleversé par la construction de la voie ferrée reliant Paris, Lyon et Marseille345 qui vient concurrencer la navigation rhodanienne. Ces deux événements vont avoir un impact fondamental sur la suite de l’aménagement rhodanien. Enfin, le régime politique – le Second Empire – et la personnalité de Napoléon III, très entreprenant en matière d’aménagement du territoire français, offrent de nouvelles opportunités.
Ce contexte spécifique est le cadre d’une véritable rationalisation de l’aménagement du Rhône qui ne se limite plus à des travaux ponctuels. Le Service Spécial du Rhône mène un aménagement possédant une cohérence d’ensemble et, pour la première fois, qui s’applique exclusivement aux villes. Les espaces urbains deviennent les objets préférentiels de l’aménagement, supplantant les espaces ruraux.
Elle s’achève en 1856.