Frappés par les épidémies (typhoïde à Cherbourg, choléra à Toulon et au Havre), ces lieux sont stratégiques car ce sont des portes d'entrée des maladies et en même temps des concentrations de soldats qu'il faut préserver des « maladies évitables ». L'autorité militaire joue, à certaines occasions, le rôle d'aiguillon, en menaçant (voire en exécutant sa menace) de retirer les garnisons, et en portant ainsi un coup à l'activité économique et à la réputation sanitaire de la ville. Les procédés d'épuration (filtres, ozone) s'installent de façon privilégiée dans les villes militaires ou à forte garnison (Cherbourg, Lorient, Avignon, Annecy, etc.). Il faut rappeler qu'une garnison de 2 000 hommes n'est pas rare, à l'époque, dans une ville de 15 000 ou 20 000 habitants ; et bien peu de villes de plus de 10 000 habitants sont dépourvues d'au moins une caserne. De plus, les médecins militaires, parfois compétents en bactériologie, sont chargés par les municipalités de réaliser les analyses périodiques de l'eau distribuée aux citadins (exemple de Cosne)1918. Cependant, avant guerre, un procédé n'obtient pas la faveur des hygiénistes militaires, si l'on en croit Edmond Bonjean : en 1912, la javellisation est « condamnée par le Conseil supérieur de surveillance des eaux de l'armée, tout au moins dans ses applications aux eaux d'alimentation publique des villes de garnisons de la France »1919.
AM Chartres, DC 4/187, lettre du maire de Cosne, 24 janvier 1907. Beaucoup d'autres villes s'en remettent au service militaire de santé, d'après les réponses à la rubrique « Fait-on des analyses ? Qui ? Quand ? » dans les questionnaires de l'enquête de 1912 (AN, F8 215 à 225).
E. Bonjean, « Traitement par les hypochlorites alcalins des eaux servant à l’alimentation publique », TSM, septembre 1912, p. 229.