L’implication de la Région sur le projet se traduit par le choix d’imposer sa logique de projet en s’engageant dans la réalisation d’études techniques et dans la création de partenariats avec des acteurs techniques, au lieu d’adopter une approche administrative dans la conduite du dossier. Cette démarche l’amène à travailler en relation directe avec la SNCF dans le cadre d’une collaboration croissante, qui se traduira par la suite par la mise en place d’une structure partenariale, le Groupement d’intérêt public (GIP)13 Transalpes, qui a cependant demandé de longues négociations avant de pourvoir être reconnue. En effet, l’implication de la Région dans la réalisation d’études techniques jusqu’à là monopole des chemins de fer et des services de l’État était à cette époque une innovation. Cela n’a pas manqué de poser des problèmes juridiques, qui ont fait que, même si les premières collaborations entre la Région et la SNCF ont commencé en 1992, il a fallu attendre le 15 janvier 1996 pour que l’existence de cette structure soit approuvée par arrête interministériel. En s’appuyant sur la non-conformité avec la Loi d’Orientation des Transports Intérieurs (qui octroie à la SNCF le monopole des études), le Préfet de région faisait blocage à ce regroupement et demandait l’arbitrage du Conseil de l’État. Les négociations ont duré deux ans et c’est à l’occasion de l’inauguration de la gare TGV de Satolas, en juin 1994, que la situation s’est débloquée et l’idée d’un partenariat entre la Région et la SNCF a commencé à être acceptée. À cette occasion, les Ministres des transports français et suisse avaient décidé d’un raccordement possible de Genève au projet Lyon-Turin. Le Premier ministre français avait alors approuvé l’idée de créer une structure d’étude disposant de la personnalité morale et associant la Région Rhône-Alpes, la SNCF et les sociétés concessionnaires des tunnels du Mont-Blanc et du Fréjus pour les études préliminaires. L’Assemblée régionale a délibéré et approuvé le dispositif d’études pour le projet Lyon-Turin (31 mars 1995). Le ministre a ainsi autorisé le Préfet à signer la convention relative aux études au nom de l’État et le 15 janvier 1996 la création du GIP Transalpes regroupant la Région Rhône-Alpes, la SNCF, la SFTRF, l’ATMB, AREA, la SAPRR, la CCIL est finalement approuvée par arrêté interministériel.
Institué pour la première fois par l’article 21 de la loi 82 -610 du 15 juillet 1982 pour les besoins du secteur de la recherche, le Groupement d’intérêt public est une personne morale de droit public dotée d’une structure de fonctionnement légère et de règles de gestion souples. Il s’agit d’un partenariat entre au moins un partenaire public et des organismes privés ayant un objectif déterminé. Le groupement d'intérêt public a une mission administrative ou industrielle et commerciale. Il met en commun un ensemble de moyens et existe pour une durée temporellement limitée.