En 1907, il aurait « particip[é] sans réserve aux émeutes de Narbonne, de Béziers et de Montpellier » ²²⁷⁰, mais c’est à sa carrière de médecin radiologue qu’il se consacre jusqu’en 1914, notamment en fondant un Syndicat de radiologues à Béziers ²²⁷¹. « Toute la guerre 1914-1918 le vit au service des blessés et la croix de la Légion d’honneur récompensa les mérites militaires du Docteur Denoyés, médecin commandant honoraire » ²²⁷². En 1919, il devient président du Syndicat médical de Perpignan, mais il interrompt ses travaux d’électro-radiologie quand il doit être opéré, « la radiodermite dont il était atteint, ayant fortement altéré sa santé » ²²⁷³ comme celle de nombreux « pionniers de cette branche nouvelle de l’art médical » ²²⁷⁴ : durant les années suivantes, il continue d’exercer la médecine dans son cabinet du 12 rue Castillet, à Perpignan.

Ce serait en 1935, pendant la crise de surproduction du Midi viticole, alors qu’il est en « demi-retraite », qu’une délégation de vignerons serait venue le « supplier de prendre leur tête pour secouer les pouvoirs publics » : son bureau médical devient le lieu où s’organise le Syndicat des vignerons des Pyrénées-Orientales ²²⁷⁵ dont Joseph Denoyés préside la commission d’études ²²⁷⁶. Il participe à l’élaboration du questionnaire présenté au congrès de Paris de la Fédération des associations viticoles, en juillet 1935, qui préfigure le Statut viticole de cette même année, notamment la question du financement des récoltes ²²⁷⁷. Élu en février 1939 à la chambre d’agriculture sur une liste proposée au suffrage des agriculteurs de la circonscription de Perpignan ²²⁷⁸, il en est aussitôt désigné vice-président ²²⁷⁹. Le 27 janvier 1941, suite au décès d’Augustin David-Gastu, président de la Fédération des syndicats agricoles du Midi ²²⁸⁰ et de la Société coopérative de distillation La Catalane ²²⁸¹, Joseph Denoyés est élu président de la chambre d’agriculture, à l’unanimité ²²⁸² : il a alors 65 ans.

Le Syndicat des vignerons des Pyrénées-Orientales est considéré comme « organisation prépondérante » par la Commission d’organisation corporative paysanne (COCP), et c’est Henry Vidal, son président, également conseiller national de Vichy et membre de la COCP, qui est désigné comme « délégué responsable » pour le département : dès le mois de juin, sur sa proposition, le comité régional d’organisation corporative (CROC) est constitué, et Joseph Denoyés en fait partie ²²⁸³. Le 2 décembre 1941, lors de l’assemblée générale constitutive de l’URCA, il en est choisi comme membre, « pour le crédit agricole et la viticulture » : en clôture de la réunion, dans une adresse au maréchal Pétain, les membres de l’Union régionale « se réjouissent que leur première assemblée soit marquée par une date où se rencontrent l’anniversaire de la Loi Caziot et l’impérissable souvenir d’une victoire que le soleil lui-même salua d’un éclat singulier et que l’Histoire de nos armes place au rang de ces prodiges militaires dont Verdun demeurera le plus émouvant » ²²⁸⁴. En janvier 1944, il est renouvelé dans ses fonctions ²²⁸⁵ et nommé membre de la future chambre régionale d’agriculture de Montpellier ²²⁸⁶.

En 1945, il préside la FDSEA des Pyrénées-Orientales ²²⁸⁷ et est réélu un an plus tard, sous le regard bienveillant du préfet, qui estime que bien qu’ayant été « l’un des dirigeants de la Corporation paysanne dans le département », il « ne s’est pas compromis sur le plan politique » ²²⁸⁸. Celui qui est désigné comme un « grand propriétaire », qui aurait « toujours été une des personnalités du mouvement agricole dans le département », occupe alors le fauteuil de président de la Confédération générale des vignerons ²²⁸⁹. Présent à la séance du 24 novembre 1948, il y déclare « son attachement au syndicalisme » et dit ne pas croire « que les chambres d’agriculture auraient intérêt à revendiquer les tâches de répartition exécutées par les conseils agricoles départementaux  ²²⁹⁰ , mais elles doivent, au contraire, promouvoir le progrès agricole, et demander, en conséquence, à être chargées de cette mission » ²²⁹¹ : lors de cette séance, il est désigné pour siéger parmi les 17 membres titulaires du CPG et élu vice-président de l’APPCA ²²⁹². Joseph Denoyés tarde à réunir la chambre d’agriculture au printemps 1949, ce que ne manque pas d’inquiéter Luce Prault et ses soutiens : le 30 mai, il est absent de la réunion du comité permanent général, on évoque ses « inquiétudes en ce qui concerne des élections éventuelles » ²²⁹³. En 1951, il est l’un des cinq vice-présidents de la FNSEA, secrétaire général de la Fédération des associations viticoles de France, président de l’Union nationale intercoopérative du Tartre et président de la Caisse régionale de crédit agricole ²²⁹⁴. Impliqué dans la rédaction du projet de la « commission paritaire Chambres-CGA », prévue par l’Accord national agricole de février 1951 et qui doit statuer sur les modifications de principe à apporter à la loi du 3 janvier 1924 ²²⁹⁵, il est réélu à la chambre d’agriculture en mars 1952, sur les listes des délégués des associations et syndicats agricoles ²²⁹⁶. Péniblement réélu au CPG, au 3e tour de scrutin, sans obtenir la majorité absolue, en rivalité avec Maurice de Solages, il est également confirmé dans ses fonctions de vice-président ²²⁹⁷ : le communiqué de la Confédération générale des vignerons du Centre et de l’Ouest (CGVCO), où leurs membres « expriment leur vive satisfaction de voir que la viticulture française est dignement représentée au bureau de l’Assemblée des présidents de chambre d’agriculture [sic] par un de ses deux vice-présidents, M. Desnoyés » ²²⁹⁸, et sa mise en exergue par Luce Prault suggère le caractère tactique du maintien au sein du bureau d’un représentant des organisations viticoles, âgé de 76 ans, qui plus est d’un méridional dont la sensibilité est héritée du « boulevard Saint-Germain ».