Face à une telle liberté contractuelle, l'entreprise ferroviaire et les Régions ont dû établir une doctrine, traiter de nombreuses questions juridiques, fiscales et financières et estimer les risques. Nous présenterons ce cadre contractuel des relations entre la SNCF et les Régions en distinguant trois aspects, l'équation financière de l'activité TER, les relations entre la SNCF et les AO et les relations entre la SNCF et les clients390.
La Cour des comptes a publié fin 2009 un rapport très complet mettant en avant les effets bénéfiques pour les usagers des transferts des TER aux Régions, tout en soulignant l’effort financier important, principalement à la charge du contribuable, ainsi que la nécessaire amélioration des conditions d’exploitation. Cour des comptes, (2009), Le transfert aux régions du TER : un bilan mitigé et des évolutions à poursuivre, Rapport thématique, Paris, Documentation Française, 150 p.