La SNCF est présente de cinq manières, principalement au titre des charges d'exploitation forfaitisées, mais également en raison des charges de capital et du système d'incitation à la performance.
Les charges d'exploitation relatives au service de transport régional de voyageurs sont, pour l'essentiel, forfaitisées et retracées dans le poste "SNCF-Charges forfaitisées C1" qui intègre les modifications éventuelles apportées au périmètre de l'offre initiale. La clef de quantité pertinente, dans une optique de mesure d'efficience de la production, est une variable de production intermédiaire sur laquelle l'exploitant a directement prise, ici le nombre de "trains-kilomètres à charge effectivement réalisés". Le "prix unitaire" que l'on obtient s'interprète économiquement comme le coût moyen d'exploitation par Tkm facturé par la SNCF aux Régions676. Au regard de la prépondérance de ce poste dans le total des charges (79% en 2002), les Régions ne peuvent manquer d'être particulièrement attentives à son évolution en valeur réelle.
Nous remarquerons que notre calcul du coût moyen d'exploitation de la SNCF est un peu biaisé par le fait que le numérateur (C1), intègre toutes les charges forfaitisées C1 relatives tant au transport par route que par fer, alors que notre dénominateur (TKm réalisés) ne considère que la production de transport ferroviaire. Ce coût moyen d'exploitation de la SNCF est donc d'autant plus surévalué que l'offre de transport TER par route est importante. Nous avons testé l'importance de ce biais dans le cas du Limousin en raison de l'importance toute particulière du trafic TER routier dans cette Région (un peu plus d'un quart des Vok en 2006) et avons recalculé les comptes de surplus du Limousin en excluant de C1 le coût facturé pour les cars-Km. L'écart est de 1 euro environ, soit d'environ 8% ; soit en 2005, 12,13 euros (avec les cars) et 11,23 euros sans. Pour le reste, les incidences sur le compte de surplus sont dérisoires, les signes des avantages transférés entre la SNCF et l'AO restant inchangés, seuls sont légèrement modifiés les montants des surplus. Nous noterons qu'en moyenne un car-km coûte environ 2,5 euros, soit presque cinq fois moins cher qu'un train-kilomètre. Pour supprimer ce biais, il eu fallu utiliser une autre clé de volume plus globale, ajoutant aux trains-km les cars-km, ou encore, soustraire des charges C1 les frais d'exploitation des cars-km. Faute de pouvoir effectuer ces corrections, nous avons accepté ce biais comme ne posant pas de problèmes majeurs d'analyse dans l'optique des comptes de surplus.