La région de Cluny est riche en sources. Les descriptions de Benoît Dumolin et de Bouché de la Bertillère signalent bien la disponibilité en eau de la région. Le nombre de sources qui a pu être utilisé par les moines se restreint du fait de contraintes physiques. Il apparaît en particulier difficile d’envisager que les religieux aient capté de l’eau depuis le flanc oriental de la vallée, sinon avec des systèmes complexes de siphons permettant de passer la Grosne et surtout de remonter l’eau jusqu’à l’altitude du cloître. Il faudrait une colonne d’eau ayant au minimum entre 5 et 6 m1211, cette estimation ne prenant pas en compte la hauteur d’eau nécessaire au fonctionnement de la fontaine située en amont du dispositif de distribution du monastère. Les sources situées sur le flanc occidental de la vallée de la Grosne mais sur des bassins versants autres que celui du Médasson semblent aussi à exclure, compte tenu des mêmes problèmes techniques. Le bassin du Médasson offre de bonnes possibilités pour une adduction. Les sites de sources se trouvent par ailleurs directement en amont de l’abbaye. L’eau peut donc être apportée aux moines selon le simple principe de la gravité. Les potentialités hydrauliques des sources constituant le ruisseau sont bien adaptées à une adduction ayant des débits importants.
Les sources sont signalées sur les pentes situées à l’ouest entre Cluny et les pentes du mont Grémoi. À l’ouest, au sommet du bassin-versant, les sources formant l’origine du Médasson constituent la majeure partie de l’eau de l’affluent de la Grosne. Il faut trouver deux alimentations principales. La première, située au nord-ouest, sourd au lieu-dit la Combe d’Enfer sous la ferme du Plaisir. La seconde, plus proche de Cluny, est reconnue à 600 au nord-ouest de la ferme de Ruffey. Plus en aval, plusieurs autres sources de moindre importance peuvent être remarquées, dans les prairies entre le domaine entre Ruffey, le domaine de Montillet et Cluny.
L’alimentation principale du ruisseau est située à proximité du domaine de Ruffey. Ces eaux participent actuellement à l’alimentation de la ville de Cluny. Il est difficile aujourd’hui d’avoir une estimation de ce que donnerait naturellement la source. Précédant la mise en place de l’eau courante à Cluny, les études de la fin du XIXe siècle et des premières décennies du XXe siècle donnent des indications. Une expérience réalisée en 1887 permet d’envisager que la fontaine fournisse 60 litres d’eau par habitant et par jour1212. En 1923, un rapport de la commission des eaux renseigne sur la raison géologique de ce débit plutôt important1213. Cependant, les sources que l’on remarque dans les prairies entre Montillet et Cluny ont pu être utilisées à des fins d’adduction. À la période moderne, les fontaines de la ville sont alimentées par des captages implantés dans les prairies placées directement à l’ouest de Cluny. Les archives municipales conservent le devis, le cahier des charges et les plans de la modification de l’adduction d’eau de la fontaine située sur le parvis de l’église Notre-Dame. Datés vers 1772, ils nous révèlent qu’un captage préexistant a été réutilisé dans la nouvelle installation. Le plan du système d’adduction de la fontaine Notre-Dame présente très nettement la mention d’un bassin de forme rectangulaire limité par quatre bornes. Cette source est appelée fontaine des Près de Montillet. Elle est justement placée à l’est de l’écart de Montillet. L’accessibilité du bassin est facilitée par un chemin allant de Cluny vers Jalogny. Bouché de la Bertillère signale lui aussi l’existence de la conduite de 1772 ainsi que les captages des fontaines du Merle et des Serpents1214.
Différence entre l’altitude du cloître placé entre 239 m et 240 m et celles du lit majeur de la Grosne, reconnues à des cotes légèrement supérieures à 234 m.
ACC II O 4 n° 108.
En 1923, la ville utilise deux sources proches l’une de l’autre. À 2,5 km de Cluny, il existe une faille mettant en contact un massif de roche cristalline atteignant l’altitude de 58 m avec un ensemble d’argiles et de calcaire plongeant vers l’ouest (calcaires à gryphées, marnes et argiles du lias, calcaires à entroques). D’après le rapport, les eaux de sources peuvent avoir deux origines. Les eaux sont soit ascendantes dans la faille, soit descendantes. Dans ce dernier cas, elles sont arrêtées par les argiles après avoir traversé les terrains perméables et fissurés.
Les textes que Bouché de la Bertillère a copiés se trouvent dans le fond des archives municipales de Cluny. Fontaine Notre-Dame : ACC 10DD7 n°11, Fontaine des Serpents : ACC M12 n°36.