Par rapport à la théorie de la dépendance et de la domination19, les MDD présentent deux divergences principales.
La première, d’ordre méthodologique, porte sur le fait qu’ils sont des instruments d’analyse néo-classique. Ils ne se situent pas véritablement dans une problématique de développement, c'est-à-dire dans la moyenne ou longue période. Ces modèles s’inscrivent dans une perspective « d’ajustement » dont l’horizon temporel est le court ou moyen terme. Ils ne se situent pas de manière explicite dans le cadre d’un projet ou d’une définition du développement. Celle-ci n’apparaît qu’en « filigrane » des analyses effectuées.
La seconde divergence renvoie à l’idée essentielle, mise en évidence dans le cadre de leurs hypothèses, que l’amélioration des termes de l’échange a un effet négatif sur la croissance économique, soit le contraire de ce que soutient la théorie de la dépendance.
Pour les partisans de cette théorie – S. Amin, C. Furtado, A. Gunder Frank, R. Prebish, W. Singer … – les modalités de l’échange international, maîtrisées par le centre, contribuent au renforcement de la division internationale du travail, à un accroissement des inégalités internationales et à la dépendance des pays de la périphérie. Tout l’effort théorique de ces auteurs vise à montrer l’impossibilité d’un développement économique dans le contexte d’un capitalisme dépendant. La mise en évidence du caractère stagnationniste du capitalisme dépendant est l’objectif ultime de la théorie.